Quantum and classical approaches to a biological problem of particle transition through non-stationary barriers

 pdf (1675K)  / Annotation

List of references:

  1. M. Dittrich, S. Hayashi, K. Schulten. On the mechanism of ATP hydrolysis in F1-ATPhase // Biophysical Journal. — 2003. — V. 85. — P. 2253–2266. — DOI: 10.1016/S0006-3495(03)74650-5. — ads: 2003BpJ....85.2253D.
  2. L. Gammaitoni, P. Hanggi, P. Jung, F. Marchesoni. Stochastic Resonance // Reviews of Modern physics. — 1, 1998. — V. 70. — P. 223–287. — DOI: 10.1103/RevModPhys.70.223. — ads: 1998RvMP...70..223G.
  3. R. Grauer, K. H. Spatchek, A. V. Zolotaryuk. Chaotic proton dynamics in the hydrogen bond // Physical Review E. — 1993. — V. 47, no. 1. — P. 236–247. — DOI: 10.1103/PhysRevE.47.236. — ads: 1993PhRvE..47..236G.
  4. M. Grifoni, P. Hanggi. Driven Quantum tunneling // Physics Reports (Elsevier). — 1998. — V. 304. — P. 229–354. — DOI: 10.1016/S0370-1573(98)00022-2. — MathSciNet: MR1645665. — ads: 1998PhR...304..229G.
  5. B. A. Grishanin, A. Yu. Chikishev, Yu. M. Romanovsky, E. V. Shuvalova. Quantum-mechanical model of proton transfer in a fluctuating potential field of the active site of α-chymotrypsin. Stochastic Processes in Physics / Chemistry and Biology. — Lecture Notes in Physics. — Springer, 2000. — V. 57. — P. 338–349. — Eds. Jan A. Freund and T. Poschell.
  6. W. Ebeling, Yu. Romanovsky, L. Schimansky-Geier. Stochastics Dynamics of Reacting Biomolecules. — Singapore: World Scientific, 2003.
  7. W. Ebeling, A. V. Kargovsky, Alexei V. Netrebko, Y. M. Romanovsky. Fermi resonance — new applications of old effect // Fluctuation and Noise Letters. — 2003. — P. L183–L193.
  8. M. D. Feit, J. A. Fleck. Solution of the Shrodinger equation by a spectral method.Vibrational energy levels of triatomic molecules // J. Chem. Phys. — 1983. — V. 78, no. 1. — P. 301–307. — DOI: 10.1063/1.444501. — ads: 1983JChPh..78..301F.
  9. A. R. Fersht, D. M. Blow, J. Fastrez. Leaving group specificity in the chymotrypsin-catalyzed hydrolysis of peptides. Stereochemical interpretation // Biochemistry. — 1973. — V. 12. — P. 2035–2041. — DOI: 10.1021/bi00735a002.
  10. P. Hanggi, H. Grabert, G. L. Ingold, U. Weiss. Quantum theory of activated events in presence of long-time memory // Phys. Rev. Lett. — 1985. — V. 55. — P. 761. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.55.761. — ads: 1985PhRvL..55..761H.
  11. H. A. Kramers. Brownian motion in a field of force and the difusion model of chemical reactions // Physica. — 1940. — V. 2. — P. 284–304. — DOI: 10.1016/S0031-8914(40)90098-2. — MathSciNet: MR0002962. — ads: 1940Phy.....7..284K.
  12. Per-Olov Löwdin. Proton Tunneling in DNA and its Biological Implications // Rev. Mod. Phys. — 1963. — V. 35. — P. 724–732. — DOI: 10.1103/RevModPhys.35.724. — ads: 1963RvMP...35..724L.
  13. E. G. Shidlovskaya, L. Shimansky-Geier, Yu. M. Romanovsky. Nonlinear processes in 2-dimensional protein cluster model with linear bonds // Z. Phys. Chem. Leipzig. — 2000. — V. 214, no. 1. — P. 65–82.
  14. В. К. Антонов. Химия протеолиза. — М: Наука, 1983.
  15. Н. С. Голубев, В. А. Гиндин, С. С. Лигай, С. Н. Смирнов. Исследование водородных связей в «каталитической триаде» трипсина по спектрам ЯМР на ядрах 1 13 15 H , C, N // Биохимия. — 1994. — Т. 59, № 5. — С. 613–624.
  16. А. В. Карговский, В. В. Митрофанов, Ю. М. Романовский. Роль высокодобротных колебаний активных каталитических групп в функционировании молекулярных ножниц / Проблемы регуляции в биологических системах. Биофизические аспекты. — М.–Ижевск: НИЦ Регулярная и хаотическая динамика, 2006. — С. 59–81. — Ред. А. Б. Рубин.
  17. Ю. Л. Климонтович. Статистическая теория открытых систем. — М: Янус-К, 1991. — Т. 2.
  18. Ю. М. Романовский, Е. В. Шувалова. Проблема переноса протона в каталитическом центре сериновых протеаз (на примере α -химотрипсина) // Вестник Московского университета. Серия 3, Физика, Астрономия. — 2002. — № 5. — С. 38–41.
  19. Д. С. Чернавский, Н. М. Чернавская. Белок-машина. Биологические макромолекулярные конструкции. — М: Изд-во Моск. ун-та, 1999.
  20. К. В. Шайтан. Каким образом электрон движется по белку // Соросовский образовательный журнал. Биология. — 1999. — № 3. — С. 55–62.
  21. Е. В. Шувалова, Ю. М. Романовский. Каталитический центр α-химотрипсина как открытая квантовая система // Вестник МГУ. Серия 3, Физика, Астрономия. — 2006. — № 6. — С. 37–42.

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"