Synchronization of circadian rhythms in the scale of a gene, a cell and a whole organism

 pdf (3361K)  / Annotation

List of references:

  1. Ю. Ашофф. Биологические ритмы. — М: Мир, 1984. — 412 с.
  2. Д. А. Брацун. Эффект возбуждения подкритических колебаний в стохастических системах с запаздыванием. Часть I. Регуляция экспрессии генов // Компьютерные исследования и моделирование. — 2011. — Т. 3, № 4. — С. 431–438. — DOI: 10.20537/2076-7633-2011-3-4-431-438.
  3. Д. А. Брацун, А. П. Захаров. Моделирование пространственно-временной динамики циркадианных ритмов Neurospora crassa // Компьютерные исследования и моделирование. — 2011. — Т. 3, № 2. — С. 191–213. — DOI: 10.20537/2076-7633-2011-3-2-191-213
  4. А. П. Захаров, Д. А. Брацун. Адаптивный алгоритм хранения полей при расчете динамики сплошной среды с наследственной или запаздывающей обратной связью // Вычислительная механика сплошных сред. — 2013. — Т. 6, № 2. — С. 198–206.
  5. Н. И. Моисеева, В. М. Сысуев. Временная среда и биологические ритмы. — Л: Наука, 1981. — 127 с.
  6. Г. Ю. Ризниченко. Математические модели в биофизике и экологии. — М.–Ижевск: Ин-т компьютер. исслед, 2003. — 183 с.
  7. Е. С. Северина. Биохимия. — Учеб. для вузов. — М: ГЭОТАР-Медиа, 2003. — 784 с.
  8. С.И. Степанова. Биоритмологические аспекты проблем адаптации. — М: Наука, 1986. — 244 с.
  9. Х.-Д. Якубке, Х. Ешкайт. Аминокислоты, пептиды, белки. — М: Мир, 1985. — 457 с.
  10. D. Bratsun, D. Volfson, J. Hasty, L. Tsimring. Delay-induced stochastic oscillations in gene regulation // PNAS. — 2005. — V. 102, no. 41. — P. 14593–14598. — DOI: 10.1073/pnas.0503858102. — ads: 2005PNAS..10214593B.
  11. T. Danino, O. Mondragón-Palomino, L. Tsimring, J. Hasty. A synchronized quorum of genetic clocks // Nature. — 2010. — no. 463. — P. 326–330. — DOI: 10.1038/nature08753. — ads: 2010Natur.463..326D.
  12. D. L. Denault, J. J. Loros, J. C. Dunlap. WC-2 mediates WC-1-FRQ interaction within the PAS protein-linked circadian feedback loop of Neurospora // EMBO J. — 2001. — V. 20. — P. 109–117. — DOI: 10.1093/emboj/20.1.109.
  13. M. I. Elowitz, S. Leibler. A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators // Nature. — 2000. — V. 403. — P. 335–338. — DOI: 10.1038/35002125. — ads: 2000Natur.403..335E.
  14. S. Ghaemmaghami, H. Won-Ki, K. Bower, R. W. Howson, A. Belle, N. Dephoure, E. K. O'Shea, J. S. Weissman. Global analysis of protein expression in yeast // Nature. — 2003. — V. 425. — P. 737–741. — DOI: 10.1038/nature02046. — ads: 2003Natur.425..737G.
  15. D. T. Gillespie. Exact stochastic simulation of coupled chemical reactions // J. Phys. Chem. — 1977. — V. 81. — P. 2340–2361. — DOI: 10.1021/j100540a008.
  16. J. Hasty, J. J. Collins. Translating the noise // Nature Genetics. — 2002. — V. 31. — P. 13–14. — DOI: 10.1038/ng0502-13.
  17. Koenderink, et al. An active biopolymer network controlled by molecular motors // PNAS. — 2009. — V. 106, no. 36. — P. 15192–15197. — DOI: 10.1073/pnas.0903974106. — ads: 2009PNAS..10615192K.
  18. A. Koseska, E. Ullner, E. Volkov, J. Kurths, J. Garcia-Ojalvo. Cooperative differentiation through clustering in multicellular populations // J. Theor. Biol. — 2010. — V. 263. — P. 189–202. — DOI: 10.1016/j.jtbi.2009.11.007. — MathSciNet: MR2980706.
  19. K. I. Morozov, L. M. Pismen. Cytoskeleton fluidization versus resolidification: Prestress effect // Phys. Rev. E. — 2011. — V. 83. — P. 051920–051928. — DOI: 10.1103/PhysRevE.83.051920. — ads: 2011PhRvE..83e1920M.
  20. A. Pikovsky, M. Rosenblum, J. Kurths. Synchronization — а universal concept in nonlinear sciences. — Cambridge University Press, 2001. — 432 с. — MathSciNet: MR1869044.
  21. C. S. Pittendrigh. Temporal organization: reflections of a Darwinian clock-watcher // Annu. Rev. Physiol. — 1993. — V. 55. — P. 16–54. — DOI: 10.1146/annurev.ph.55.030193.000313.
  22. М. Salm, L. M. Pismen. Chemical and mechanical signaling in epithelial spreading // Phys. Biol. — 2012. — V. 9. — P. 026009–026023. — DOI: 10.1088/1478-3975/9/2/026009. — ads: 2012PhBio...9b6009S.
  23. P. Smolen, D. A. Baxter, J. H. Byrne. Reduced models of the circadian oscillators in Neurospora crassa and Drosophila melanogaster illustrate mechanistic similarities // OMICS. — 2003. — V. 7, no. 4. — P. 337–354. — DOI: 10.1089/153623103322637661.

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"