Motion of DNA open states influenced by random force

Grinevich A.A., Ryasik A.A., Yakushevich L.V.
 pdf (6083K)  / Annotation

List of references:

  1. А. А. Гриневич, А. А. Рясик, Л. В. Якушевич. Динамические свойства полинуклеотидной цепи, состоящей из двух неодинаковых однородных последовательностей, разделенных границей // Компьютерные исследования и моделирование. — 2013. — Т. 5, № 2. — С. 241–253. — DOI: 10.20537/2076-7633-2013-5-2-241-253
  2. А. А. Гриневич, А. А. Рясик, Л. В. Якушевич. Траектории движения кинков в неоднородном потенциальном поле ДНК / Математическая биология и биоинформатика: V Международная конференция. — 2014. — С. 34.
  3. Д. Ф. Кузнецов. Некоторые вопросы теории численного решения стохастических дифференциальных уравнений Ито // Дифференциальные уравнения и процессы управления. — 1998. — Т. 1. — С. 66–367.
  4. К. В. Шайтан, К. Б. Терёшкина. Молекулярная динамика белков и пептидов. — Методическое пособие. — М: Кафедра биоинженерии биологического факультета МГУ, 2004.
  5. Л. В. Якушевич, Л. А. Краснобаева, А. В. Шаповалов, Н. Р. Кинтеро. Одно- и двухсолитонные решения уравнения синус-Гордона в приложении к ДНК // Биофизика. — 2005. — Т. 50. — С. 450–455.
  6. Л. В. Якушевич, А. А. Рясик. Динамические характеристики кинков и антикинков ДНК // Компьютерные исследования и моделирование. — 2012. — Т. 4, № 1. — С. 209–217. — DOI: 10.20537/2076-7633-2012-4-1-209-217
  7. S. W. Englander, N. R. Kallenbach, A. J. Heeger, et al. Nature of the open state in long polynucleotide double helices: possibility of soliton excitations // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 1980. — V. 77, no. 12. — P. 7222–7226. — DOI: 10.1073/pnas.77.12.7222. — ads: 1980PNAS...77.7222E.
  8. E. Giudice, P. V´arnai, R. Lavery. Base pair opening within B-DNA: free energy pathways for GC and AT pairs from umbrella sampling simulations // Nucleic acids research. — 2003. — V. 31, no. 5. — P. 1434–1443. — DOI: 10.1093/nar/gkg239.
  9. A. Montrichok, G. Gruner, G. Zocchi. Trapping intermediates in the melting transition of DNA oligomers // EPL (Europhysics Letters). — 2003. — V. 62, no. 3. — P. 452. — DOI: 10.1209/epl/i2003-00417-3. — ads: 2003EL.....62..452M.
  10. V. Muto, P. S. Lomdahl, P. L. Christiansen. Two-dimensional discrete model for DNA dynamics: Longitudinal wave propagation and denaturation // Physical Review A. — 1990. — V. 42, no. 12. — P. 7452–7459. — DOI: 10.1103/PhysRevA.42.7452. — ads: 1990PhRvA..42.7452M.
  11. L. V. Yakushevich. Nonlinear physics of DNA. — John Wiley & Sons, 2006.
  12. L. V. Yakushevich, A. A. Grinevich, A. A. Ryasik. Simulation of a kink movement in homogeneous and heterogeneous DNA // RJNAMM. — 2014. — V. 29, no. 3. — P. 197–204.
  13. Y. Zeng, A. Montrichok, G. Zocchi. Length and statistical weight of bubbles in DNA melting // Physical review letters. — 2003. — V. 91, no. 14. — P. 148101. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.91.148101. — ads: 2003PhRvL..91n8101Z.

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"

Copyright © 2009–2024 Institute of Computer Science