All issues

List of references:

1. Д. А. Брацун. Эффект возбуждения подкритических колебаний в стохастических системах с запаздыванием. Часть I. Регуляция экспрессии генов // Компьютерные исследования и моделирование. — 2011. — Т. 3, № 4. — С. 421–438. — DOI: 10.20537/2076-7633-2011-3-4-421-438
   • D. A. Bratsun. Effect of subcritical excitation of oscillations in stochastic systems with time delay. Part I. Regulation of gene expression // Computer Research and Modeling. — 2011. — V. 3, no. 4. — P. 421–438. — in Russian. — DOI: 10.20537/2076-7633-2011-3-4-421-438
2. Д. А. Брацун, А. П. Захаров. Моделирование пространственно-временной динамики циркадианных ритмов Neurospora crassa // Компьютерные исследования и моделирование. — 2011. — Т. 3, № 2. — С. 191–213. — DOI: 10.20537/2076-7633-2011-3-2-191-213
   • D. A. Bratsun. Modelling spatio-temporal dynamics of circadian rhythms in Neurospora crassa // Computer Research and Modeling. — 2011. — V. 3, no. 2. — P. 191–213. — in Russian. — DOI: 10.20537/2076-7633-2011-3-2-191-213
3. Д. А. Брацун, А. П. Захаров, Л. М. Письмен. Многоуровневое математическое моделирование возникновения и роста опухоли в ткани эпителия // Компьютерные исследования и моделирование. — 2014. — Т. 6, № 4. — С. 585–604. — DOI: 10.20537/2076-7633-2014-6-4-585-604
   • Bratsun D. A., A. P. Zakharov, L. M. Pismen. Multiscale mathematical modeling occurrence and growth of a tumour in an epithelial tissue // Computer Research and Modeling. — 2014. — V. 6, no. 4. — P. 585–604. — in Russian. — DOI: 10.20537/2076-7633-2014-6-4-585-604
4. Е. И. Волков, Б. А. Журов. Динамическое поведение изолированного репрессилятора с обратной связью // Известия вузов. Радиофизика. — 2013. — Т. 56, № 10. — С. 774–786.
   • E. I. Volkov, B. A. Zhurov. Dynamic Behavior of an Isolated Repressilator with Feedback // Radiophysics and Quantum Electronics. — 2014. — V. 56, no. 10. — P. 697–707. — DOI: 10.1007/s11141-014-9474-0.
   • E. I. Volkov, B. A. Zhurov. Dinamicheskoe povedenie isolirovannogo repressiljatora s obratnoj svyaz'ju // Izvestija vuzov. Radiofizika. — 2013. — V. 56, no. 10. — P. 774–786. — in Russian.
5. Г. В. Демиденко, Н. А. Колчанов, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин, С. И. Фадеев. Математическое моделирование регулярных контуров генных сетей // Ж. вычисл. матем. и матем. физ. — 2004. — Т. 44, № 12. — С. 2276–2295.
   • G. V. Demidenko, N. A. Kolchanov, V. A. Likhoshvai, Yu. G. Matushkin, S. I. Fadeev. Mathematical modeling of regular circuits of gene networks // Computational Mathematics and Mathematical Physics. — 2004. — V. 44, no. 12. — P. 2166–2183. — MathSciNet: MR2124970. — zbMATH: Zbl 1069.92001.
   • G. V. Demidenko, N. A. Kolchanov, V. A. Likhoshvai, Yu. G. Matushkin, S. I. Fadeev. Matematicheskoe modelirovanie regulyarnyx konturov gennyh setej // Zhurnal vychislitel'noj matematiki i matematicheskoj fiziki. — 2004. — V. 44, no. 12. — P. 2276–2295. — in Russian. — Math-Net: Mi eng/zvmmf738. — zbMATH: Zbl 1069.92001.
6. А. П. Захаров, Д. А. Брацун. Синхронизация циркадианных ритмов в масштабах гена, клетки и всего организма // Компьютерные исследования и моделирование. — 2013. — Т. 5, № 2. — С. 255–270. — DOI: 10.20537/2076-7633-2013-5-2-255-270
   • A. P. Zakharov, D. A. Bratsun. Synchronization of circadian rhythms in the scale of a gene, a cell and a whole organism // Computer Research and Modeling. — 2013. — V. 5, no. 2. — P. 255–270. — in Russian. — DOI: 10.20537/2076-7633-2013-5-2-255-270
7. В. А. Лихошвай, Т. М. Хлебодарова, Н. А. Колчанов. Компьютерный ресурс «Генетический конструктор» для моделирования молекулярно-генетических процессов в бактериальной клетке: анализ циклической генной цепи / Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения. — Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2010. — С. 392–404.
   • V. A. Likhoshvai, T. M. Khlebodarova, N. A. Kolchanov. Komp'yuternyj resurs «Geneticheskij konstruktor» dlya modelirovaniya molekulyarno-geneticheskix protsessov v bakterial'noj kletke: analiz tsiklicheskoj gennoj tsepi / Rol' mikroorganizmov v funktsionirovanii zhivyx sistem: fundamental'nye problemy i bioinzhenernye prilozhenija. — Novosibirsk: SO RAN, 2010. — P. 392–404. — in Russian.
8. В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин, С. И. Фадеев. Задачи теории функционирования генных сетей // Сиб. журн. индустр. матем. — 2003. — Т. 6, № 2. — С. 64–80.
   • V. A. Likhoshvai, Yu. G. Matushkin, S. I. Fadeev. Problems of theory of gene networks functioning // Siberian Journal of Industrial Mathematics. — 2003. — V. 6, no. 2. — P. 64–80. — in Russian. — Math-Net: Mi eng/sjim448. — MathSciNet: MR2041576.
9. И. С. Потапов, Е. И. Волков. Анализ динамических режимов взаимодействующих синтетических генетических репрессиляторов // Компьютерные исследования и моделирование. — 2010. — Т. 2, № 4. — С. 403–418. — DOI: 10.20537/2076-7633-2010-2-4-403-418
   • I. S. Potapov, E. I. Volkov. Dynamics analysis of coupled synthetic genetic repressilators // Computer Research and Modeling. — 2010. — V. 2, no. 4. — P. 403–418. — in Russian. — DOI: 10.20537/2076-7633-2010-2-4-403-418
10. J. Bonnet, P. Yin, M. E. Ortiz, P. Subsoontorn, D. Endy. Amplifying genetic logic gates // Science. — 2013. — V. 340. — P. 599–603. — DOI: 10.1126/science.1232758. — ads: 2013Sci...340..599B.
11. D. A. Bratsun, D. V. Merkuriev, A. P. Zakharov, L. M. Pismen. Multiscale modeling of tumor growth induced by circadian rhythm disruption in epithelial tissue // J. Biol. Phys. — 2016. — V. 42, no. 1. — P. 107–132. — DOI: 10.1007/s10867-015-9395-y.
12. D. Bratsun, D. Volfson, J. Hasty, L. Tsimring. Delay-induced stochastic oscillations in gene regulation // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. — 2005. — V. 102, no. 41. — P. 14593–14598. — DOI: 10.1073/pnas.0503858102. — ads: 2005PNAS..10214593B.
13. D. Bratsun, D. Volfson, J. Hasty, L. Tsimring. Non-Markovian processes in Gene Regulation / Noise in Complex Systems and Stochastic Dynamics III, Proceeding of SPIE. — 2005. — V. 5845. — P. 210–219. — Laszlo B. Kish, Katja Lindenberg, Zoltan Gingl. — ads: 2005SPIE.5845..210B.
14. D. A. Bratsun, A. P. Zakharov, L. M. Pismen. Chemo-Mechanical Elastic Modeling of Carcinoma Development // Advanced Biomaterials and Devices in Medicine. — 2016. — V. 3, no. 1. — P. 19–29.
15. R. Daniel, J. R. Rubens, R. Sarpeshkar, T. K. Lu. Synthetic analog computation in living cells // Nature. — 2013. — V. 497. — P. 619–623. — DOI: 10.1038/nature12148. — ads: 2013Natur.497..619D.
16. T. Danino, O. Mondragón-Palomino, L. Tsimring, J. Hasty. A synchronized quorum of genetic clocks // Nature. — 2010. — no. 463. — P. 326–330. — DOI: 10.1038/nature08753. — ads: 2010Natur.463..326D.
17. D. Denault, J. Loros, J. Dunlap. WC-2 mediates WC-1–FRQ interaction within the PAS protein-linked circadian feedback loop of Neurospora // EMBO J. — 2001. — V. 20. — P. 109–117. — DOI: 10.1093/emboj/20.1.109.
18. M. B. Elowitz, S. Leibler. A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators // Nature. — 2000. — V. 403. — P. 335–338. — DOI: 10.1038/35002125. — ads: 2000Natur.403..335E.
19. A. E. Friedland, T. K. Lu, X. Wang, D. Shi, G. Church, J. J. Collins. Synthetic gene networks that count // Science. — 2009. — V. 324. — P. 1199–1202. — DOI: 10.1126/science.1172005. — ads: 2009Sci...324.1199F.
20. E. Fung, W. W. Wong, J. K. Suen, T. Bulter, S. Lee, J. C. Liao. A synthetic gene-metabolic oscillator // Nature. — 2005. — V. 435. — P. 118–122. — DOI: 10.1038/nature03508. — ads: 2005Natur.435..118F.
21. X. J. Gao, M. B. Elowitz. Synthetic biology: Precision timing in a cell // Nature. — 2016. — V. 538. — P. 462–463. — DOI: 10.1038/nature19478. — ads: 2016Natur.538..462G.
22. J. Hasty, M. Dolnik, McMillen, D. , J. J. Collins. Designer gene networks: Towards fundamental cellular control // Chaos. — 2001. — V. 11. — P. 207–220. — DOI: 10.1063/1.1345702. — zbMATH: Zbl 1029.92011. — ads: 2001Chaos..11..207H.
23. L. Potvin-Trottier, N. D. Lord, G. Vinnicombe, J. Paulsson. Synchronous long-term oscillations in a synthetic gene circuit // Nature. — 2016. — V. 538. — P. 514–517. — DOI: 10.1038/nature19841. — ads: 2016Natur.538..514P.
24. D. C. Prasher, V. K. Eckenrode, W. W. Ward, F. G. Prendergast, M. J. Cormier. Primary structure of the Aequorea victoria green-fluorescent protein // Gene. — 1992. — V. 111, no. 2. — P. 229–33. — DOI: 10.1016/0378-1119(92)90691-H.
25. A. Prindle. Optimization of a Gene Oscillator using Transcriptional Time Delay. — Pasadena: California Institute of Technology, 2009. — Senior thesis, Sup. R. Murrey.
26. K. Sriram, M. S. Gopinathan. A two variable delay model for the circadian rhythm of Neurospora crassa // J. Theor. Biol. — 2004. — V. 231. — P. 23–38. — DOI: 10.1016/j.jtbi.2004.04.006. — MathSciNet: MR2107548.
27. J. Stricker, S. Cookson, M. R. Bennett, W. H. Mather, L. S. Tsimring, J. Hasty. A fast, robust and tunable synthetic gene oscillator // Nature. — 2008. — V. 456. — P. 516–519. — DOI: 10.1038/nature07389. — ads: 2008Natur.456..516S.
28. J. J. Tabor, H. M. Salis, Z. B. Simpson, A. A. Chevalier, A. Levskaya, E. M. Marcotte, C. A. Voigt, A. D. Ellington. A synthetic genetic edge detection program // Cell. — 2009. — V. 137. — P. 1272–1281. — DOI: 10.1016/j.cell.2009.04.048.
29. M. Tigges, T. T. Marquez-Lago, J. Stelling, M. Fussenegger. A tunable synthetic mammalian oscillator // Nature. — 2009. — V. 457. — P. 309–312. — DOI: 10.1038/nature07616. — ads: 2009Natur.457..309T.
30. E. Ullner, A. Zaikin, E. I. Volkov, J. Garcia-Ojalvo. Multistability and clustering in a population of synthetic genetic oscillators via phase-repulsive cell-to-cell communication // Phys. Rev. Lett. — 2007. — V. 99. — P. 148103.