Результаты поиска по 'многочастичная броуновская динамика':
Найдено статей: 2
  1. Хрущев С.С., Абатурова А.М., Дьяконова А.Н., Устинин Д.М., Зленко Д.В., Федоров В.А., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б.
    Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики ProKSim
    Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 1, с. 47-64

    Белок-белковые взаимодействия являются основой большинства биологических процессов. Компьютерное моделирование динамики связывания белков дает важную информацию для понимания механизмов их функционирования. Разработана компьютерная программа ProKSim (Protein Kinetics Simulator), предназначенная для моделирования взаимодействия макромолекул методом многочастичной броуновской динамики с учетом дальнодействующих электростатических взаимодействий. Проведено исследование диффузионно-столкновительных комплексов для трех пар белков: ферредоксин и ферредоксин:НАДФ+-редуктаза, пластоцианин и цитохром f, барназа и барстар. Исследована роль электростатических взаимодействий во взаимной ориентации молекул белков при образовании диффузионно-столкновительных комплексов.

    Ключевые слова: многочастичная броуновская динамика, белок-белковые взаимодействия, механизмы молекулярного распознавания.
    Khruschev S.S., Abaturova A.M., Diakonova A.N., Ustinin D.M., Zlenko D.V., Fedorov V.A., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu., Rubin A.B.
    Multi-particle Brownian Dynamics software ProKSim for protein-protein interactions modeling
    Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 1, pp. 47-64

    Protein-protein interactions are of central importance for virtually every process in living matter. Modeling the dynamics of protein association is crucial for understanding their functionality. This paper proposes novel simulation software ProKSim (Protein Kinetics Simulator) for modeling of protein interactions by means of the multi-particle Brownian Dynamics. Effect of long-range electrostatic interactions on the process of transient encounter complex formation is numerically estimated. Investigation of transient encounter complex formation was performed for three pairs of proteins: ferredoxin and ferredoxin:NADP+-redustase, plastocyanin and cytochrome f, barnase and barstar.

    Keywords: multi-particle Brownian Dynamics, protein-protein recognition, molecular recognition.
    Views (last year): 4. Citations: 8 (RSCI).
  2. Абатурова А.М., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б.
    Исследование образования комплекса флаводоксина и фотосистемы 1 методами прямого многочастичного компьютерного моделирования
    Компьютерные исследования и моделирование, 2009, т. 1, № 1, с. 85-91

    С помощью компьютерной модели, основанной на методах многочастичного прямого моделирования и броуновской динамики, изучается кинетика образования комплекса между компонентами фотосинтетической электронтранспортной цепи — белком флаводоксином и мембранным комплексом фотосистемы 1. Моделируется броуновское движение нескольких сотен молекул флаводоксина, учитываются электростатические взаимодействия и сложная форма молекул. С помощью данной модели удалось воспроизвести экспериментальную немонотонную зависимость константы связывания флаводоксина с фотосистемой 1. Это говорит о том, что для описания такого вида зависимости достаточно учета только электростатических взаимодействий.

    Ключевые слова: флаводоксин, фотосистема 1, броуновская динамика.
    Abaturova A.M., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu., Rubin A.B.
    Investigation of complex formation of flavodoxin and photosystem 1 by means of direct multiparticle computer simulation
    Computer Research and Modeling, 2009, v. 1, no. 1, pp. 85-91

    Kinetics of complex formation between components of the photosynthetic electron transport chain — flavodoxin and membrane complex photosystem I has been studied using computer model based on methods of multiparticle simulation and Brownian dynamics. We simulated Brownian motion of several hundreds of flavodoxin molecules, taking into account electrostatic interactions and complex shape of the molecules. Our model could describe experimental nonmonotonic dependence of the association rate constant for flavodoxin and photosystem I. This lets us conclude that electrostatic interactions are sufficient to form such kind of nonmonotonic dependence.

    Keywords: flavodoxin, photosystem I, Brownian dynamics.
    Views (last year): 4. Citations: 2 (RSCI).

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"

Copyright © 2009–2024 Institute of Computer Science