Результаты поиска по 'моделирование по гомологии':
Найдено статей: 2
  1. Попинако А.В.
    Молекулярное моделирование и динамика комплексов серотонинового 5-HT3 рецептора с лигандами
    Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 3, с. 329-334

    Вопрос взаимодействия определенного рецептора с лигандами является ключевым в области клеточной сигнализации, но решается он на молекулярном уровне. Для улучшения понимания молекулярных механизмов взаимодействия серотонинового рецептора с лигандами были применены различные биофизические методы компьютерного моделирования. Модель трехмерной структуры надмембранного домена серотонинового 5-HT3 рецептора человека была построена по гомологии с никотиновым ацетилхолиновым рецептором nAChR (PDB ID: 2BG9). Методом докинга были получены комплексы 5-HT3 рецептора с лигандами. Методом молекулярной динамики исследовано взаимодействие серотонинового 5-HT3 рецептора с лигандами и показана роль различных факторов в стабилизации комплексов.

    Ключевые слова: мембранные рецепторы, лиганды, молекулярная динамика.
    Popinako A.V.
    Molecular modeling and dynamics of serotonin 5-HT3 receptor and ligands
    Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 3, pp. 329-334

    The problem of ligand binding to certain receptor proteins is of central importance in cellular signaling, but it is still unresolved at a molecular level. In order to enhance our understanding of the molecular mechanisms we used a biophysical approach to study a serotonin-gated ion channel. The molecular model of 5-HT3 receptor extracellular domain was created using computer-based homology modeling. The docking method was used for building complexes of the 5-HT3 receptor and ligands. Some different activities were investigated by the method of molecular dynamics.

    Keywords: membrane receptors, ligands, molecular dynamics.
    Citations: 1 (RSCI).
  2. Абдуллатыпов А.В., Цыганков А.А.
    Моделирование пространственной структуры гидрогеназы HydSL пурпурной серной бактерии Thiocapsa roseopersicina BBS
    Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 4, с. 737-747

    В данной работе представлены модели железоникелевой гидрогеназы HydSL пурпурной серной бактерии Thiocapsa roseopersicina BBS. Показано, что полученные модели обладают более высоким уровнем доверия по сравнению с опубликованными ранее; впервые получена полноразмерная модель HydSL-гидрогеназы. Показана свободная ориентация С-концевого фрагмента малой субъединицы относительно основной белковой глобулы. Показано, что у термостабильной гидрогеназы HydSL Allochromatium vinosum и у полученной нами модели примерно одинаковое количество межсубъединичных ионных пар и их больше, чем у термолабильной гидрогеназы HydAB Desulfovibrio vulgaris.

    Ключевые слова: моделирование по гомологии, гидрогеназы, Thiocapsa roseopersicina.
    Abdullatypov A.V., Tsygankov A.A.
    Homology modeling of the spatial structure of HydSL hydrogenase from purple sulphur bacterium Thiocapsa roseopersicina BBS
    Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 4, pp. 737-747

    The results of homology modeling of HydSL, a NiFe-hydrogenase from purple sulphur bacterium Thiocapsa roseopersicina BBS are presented in this work. It is shown that the models have larger confidence level than earlier published ones; a full-size model of HydSL hydrogenase is presented for the first time. The C-end fragment of the enzyme is shown to have random orientation in relation to the main protein globule. The obtain models have a large number of ion pairs, as well as thermostable HydSL hydrogenase from Allochromatium vinosum, in contrast to thermolabile HydAB hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris.

    Keywords: homology modeling, hydrogenases, Thiocapsa roseopersicina.
    Views (last year): 2. Citations: 5 (RSCI).

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"

Copyright © 2009–2024 Institute of Computer Science