Результаты поиска по 'A/T-треки':
Найдено статей: 4
  1. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2020, т. 12, № 6, с. 1261-1264
    Editor's note
    Computer Research and Modeling, 2020, v. 12, no. 6, pp. 1261-1264
  2. Алексеенко А.Е., Холодов Я.А., Холодов А.С., Горева А.И., Васильев М.О., Чехович Ю.В., Мишин В.Д., Старожилец В.М.
    Разработка, калибровка и верификация модели движения трафика в городских условиях. Часть I
    Компьютерные исследования и моделирование, 2015, т. 7, № 6, с. 1185-1203

    В данной работе исследуется проблема унификации процедуры разработки и калибровки математической модели движения транспортного потока на автомобильной многополосной дороге в городских условиях. При этом использовался макроскопический подход, при котором транспортный поток описывается нелинейной системой гиперболических уравнений (для плотности и скорости потока) второго порядка. Полученная модель замыкается через уравнение зависимости интенсивности транспортного потока от его плотности, получаемое эмпирическим образом для каждого отдельного участка транспортной сети с использованием данных транспортных детекторов и автомобильных GPS-треков. Проверка работоспособности разработанной нами модели и методики калибровки проводилась с использованием численных расчетов, путем проведения вычисленных экспериментов на типичных данных, таких как моделирование движения трафика на заданном участке городской транспортной сети г. Москвы.

    Alekseenko A.E., Kholodov Y.A., Kholodov A.S., Goreva A.I., Vasilev M.O., Chekhovich Y.V., Mishin V.D., Starozhilets V.M.
    Development, calibration and verification of mathematical model for multilane urban road traffic flow. Part I
    Computer Research and Modeling, 2015, v. 7, no. 6, pp. 1185-1203

    In this paper, we propose the unified procedure for the development and calibration of mathematical model for multilane urban road traffic flow. We use macroscopic approach, describing traffic flow with the system of second-order nonlinear hyperbolic equations (for traffic density and velocity). We close the resulting model with the equation of vehicle flow as a function of density, obtained empirically for each segment of road network using data from traffic detectors and vehicles’ GPS tracks. We verify the developed new model and calibration methods by using it to model segment of Moscows Ring Road.

    Views (last year): 4. Citations: 2 (RSCI).
  3. Киселев С.С., Комаров В.М., Масулис И.С., Озолинь О.Н.
    Распределение мононуклеотидных повторов в бактериальных хромосомах: A/T-треки преобладают над G/C-треками
    Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 2, с. 183-187

    В данной работе исследовано распределение мононуклеотидных треков разной длины в 342 хромосомах эубактерий и 69 хромосомах архей. Несмотря на то, что число анализируемых повторов проявляет зависимость от нуклеотидного состава, в 73 % случаев (301 хромосома, в том числе и в 90 хромосомах, обогащенных GC-парами) было обнаружено преобладание poly(dA)n- и poly(dT)n-треков над poly(dG)n- и poly(dC)n-треками. В природных ДНК число А/Т-треков чаще всего в 2 раза выше, чем в случайных нуклеотидных последовательностях с аналогичным AT/GC-составом и длиной. Обсуждаются возможные причины появления подобной асимметрии в распределениях.

    Kisselev S.S., Komarov V.M., Masulis I.S., Ozoline O.N.
    Distribution of mononucleotide repeats in bacterial chromosomes: A/T-tracts dominate on G/C-tracts
    Computer Research and Modeling, 2010, v. 2, no. 2, pp. 183-187

    This study analyzes the abundance of mononucleotide tracts of different length in 342 eubacterial and 69 archaeal chromosomes. Despite the fact that the amount of analyzed repeats depends on nucleotide content, the predominance of poly(dA)n- and poly(dT)n-tracts on poly(dG)n- and poly(dC)n-tracts was found in 301 chromosomes (73 % of events), including 90 GC-rich chromosomes. In natural DNAs amount of A/T-tracts usually appeared to be two-fold higher than in randomized nucleotide sequences with the same AT/GC-content and length. Possible reasons of this asymmetry in distribution are discussed.

    Views (last year): 4.
  4. Ососков Г.А., Бакина О.В., Баранов Д.А., Гончаров П.В., Денисенко И.И., Жемчугов А.С., Нефедов Ю.А., Нечаевский А.В., Никольская А.Н., Щавелев Е.М., Ван Л., Сунь Ш., Чжан Я.
    Нейросетевая реконструкция треков частиц для внутреннего CGEM-детектораэк сперимента BESIII
    Компьютерные исследования и моделирование, 2020, т. 12, № 6, с. 1361-1381

    Реконструкция траекторий заряженных частиц в трековых детекторах является ключевой проблемой анализа экспериментальных данных для физики высоких энергий и ядерной физики. Поток данных в современных экспериментах растет день ото дня, и традиционные методы трекинга уже не в состоянии соответствовать этим объемам данных по скорости обработки. Для решения этой проблемы нами были разработаны два нейросетевых алгоритма, использующих методы глубокого обучения, для локальной (каждый трек в отдельности) и глобальной (все треки в событии) реконструкции треков применительно к данным трекового GEM-детектора эксперимента BM@N ОИЯИ. Преимущество глубоких нейронных сетей обусловлено их способностью к обнаружению скрытых нелинейных зависимостей в данных и возможностью параллельного выполнения операций линейной алгебры, лежащих в их основе.

    В данной статье приведено описание исследования по обобщению этих алгоритмов и их адаптации к применению для внутреннего поддетектора CGEM (BESIII ИФВЭ, Пекин). Нейросетевая модель RDGraphNet для глобальной реконструкции треков, разработанная на основе реверсного орграфа, успешно адаптирована. После обучения на модельных данных тестирование показало обнадеживающие результаты: для распознавания треков полнота (recall) составила 98% и точность (precision) — 86%. Однако адаптация «локальной» нейросетевой модели TrackNETv2 потребовала учета специфики цилиндрического детектора CGEM (BESIII), состоящего всего из трех детектирующих слоев, и разработки дополнительного нейроклассификатора для отсева ложных треков. Полученная программа TrackNETv2.1 протестирована в отладочном режиме. Значение полноты на первом этапе обработки составило 99%. После применения классификатора точность составила 77%, при незначительном снижении показателя полноты до 94%. Данные результаты предполагают дальнейшее совершенствование модели локального трекинга.

    Ososkov G.A., Bakina O.V., Baranov D.A., Goncharov P.V., Denisenko I.I., Zhemchugov A.S., Nefedov Y.A., Nechaevskiy A.V., Nikolskaya A.N., Shchavelev E.M., Wang L., Sun S., Zhang Y.
    Tracking on the BESIII CGEM inner detector using deep learning
    Computer Research and Modeling, 2020, v. 12, no. 6, pp. 1361-1381

    The reconstruction of charged particle trajectories in tracking detectors is a key problem in the analysis of experimental data for high energy and nuclear physics.

    The amount of data in modern experiments is so large that classical tracking methods such as Kalman filter can not process them fast enough. To solve this problem, we have developed two neural network algorithms of track recognition, based on deep learning architectures, for local (track by track) and global (all tracks in an event) tracking in the GEM tracker of the BM@N experiment at JINR (Dubna). The advantage of deep neural networks is the ability to detect hidden nonlinear dependencies in data and the capability of parallel execution of underlying linear algebra operations.

    In this work we generalize these algorithms to the cylindrical GEM inner tracker of BESIII experiment. The neural network model RDGraphNet for global track finding, based on the reverse directed graph, has been successfully adapted. After training on Monte Carlo data, testing showed encouraging results: recall of 98% and precision of 86% for track finding.

    The local neural network model TrackNETv2 was also adapted to BESIII CGEM successfully. Since the tracker has only three detecting layers, an additional neuro-classifier to filter out false tracks have been introduced. Preliminary tests demonstrated the recall value at the first stage of 99%. After applying the neuro-classifier, the precision was 77% with a slight decrease of the recall to 94%. This result can be improved after the further model optimization.

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"