Mixed algorithm for modeling of charge transfer in DNA on long time intervals

 pdf (565K)  / Annotation

List of references:

  1. M. Bockrath, et al. Scanned conductance microscopy of carbon nanotubes and λ-DNA // Nano Lett. — 2002. — no. 3. — P. 187–190. — DOI: 10.1021/nl0100724. — ads: 2002NanoL...2..187B.
  2. G. Cuniberti. Backbone-induced semiconducting behavior in short DNA wires // Phys. Rev. B. — 2002. — V. 65. — P. 241314–241318. — DOI: 10.1103/PhysRevB.65.241314. — ads: 2002PhRvB..65x1314C.
  3. N. S. Fialko, V. D. Lakhno. Long-range charge transfer in DNA // Regular & Chaotic Dynamics. — 2002. — V. 7, no. 3. — P. 299–313. — DOI: 10.1070/RD2002v007n03ABEH000212. — MathSciNet: MR1931720. — ads: 2002RCD.....7..299L.
  4. H.-W. Fink, C. Schonenberger. Electrical conduction through DNA molecules // Nature. — 1999. — V. 398, no. 6726. — P. 407–410. — DOI: 10.1038/18855. — ads: 1999Natur.398..407F.
  5. B. Giese, A. Biland. Resent development of charge injection and charge transfer in DNA // Chem. Comm. — 2002. — P. 667–672. — DOI: 10.1039/b111044f.
  6. H. S. Greenside, E. Helfand. Numerical integration of stochastic differential equations–II // The Bell System Tech. J. — 1981. — V. 60. — P. 1927–1940. — DOI: 10.1002/j.1538-7305.1981.tb00303.x. — MathSciNet: MR0551523.
  7. T. Holstein. Studies of polaron motion // Ann. Phys. — 1959. — V. 8. — P. 325–389. — DOI: 10.1016/0003-4916(59)90002-8. — ads: 1959AnPhy...8..325H.
  8. Z. Kutniak, et al. Conduction in native deoxyribonucleic acid: hole hopping transfer mechanism? // Phys. Rev. Lett. — 2003. — V. 90. — P. 098101–098105. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.90.098101. — ads: 2003PhRvL..90i8101K.
  9. V. D. Lakhno, N. S. Fialko. HSSH-model of hole transfer in DNA // The European Physical Journal B. — 2005. — V. 43. — P. 279–281. — DOI: 10.1140/epjb/e2005-00049-y. — ads: 2005EPJB...43..279L.
  10. F. D. Lewis, et al. Direct measurement of hole transport dynamics in DNA // Nature. — 2000. — V. 406. — P. 51–53. — DOI: 10.1038/35017524. — ads: 2000Natur.406...51L.
  11. P. S. Lomdahl, W. C. Kerr. Do Davydov solitons exist at 300 K? // Phys. Rev. Lett. — 1985. — V. 55, no. 11. — P. 1235–1238. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.55.1235. — ads: 1985PhRvL..55.1235L.
  12. Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers. — Elsevier, 2006. — Eds. Starikov E. B., Tanaka S., Lewis J. P.
  13. D. Porath, et al. Direct measurement of electrical transport through DNA molecules // Nature. — 2000. — V. 403, no. 6770. — P. 635–638. — DOI: 10.1038/35001029. — ads: 2000Natur.403..635P.
  14. A. Rakitin, et al. Metallic conduction through engineered DNA: DNA nanoelectronic building blocks // Phys. Rev. Lett. — 2001. — V. 86. — P. 3670–3673. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.86.3670. — ads: 2001PhRvL..86.3670R.
  15. B. Xu, et al. Direct conductance measurement of single DNA molecules in aqueous solution // Nano Lett. — 2004. — V. 4. — P. 1105–1108. — DOI: 10.1021/nl0494295. — ads: 2004NanoL...4.1105X.
  16. L. V. Yakushevich. Nonlinear mathematical models in biopolymer science / Perspectives of Polarons. — Singapore: World Scientific, 1996. — P. 94–143. — Eds. G. N. Chuev, V. D. Lakhno.
  17. Y. Zhang, et al. Insulating behavior of λ-DNA on the micron scale // Phys. Rev. Lett. — 2002. — V. 89. — P. 198102–198106. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.89.198102. — ads: 2002PhRvL..89s8102Z.
  18. А. С. Давыдов, Н. И. Кислуха. Солитоны в одномерных молекулярных цепях // ЖЭТФ. — 1976. — Т. 71, № 9. — С. 1090–1098.
  19. А. А. Даринский, И. М. Неелов. Исследование молекулярного движения в полимерах методом броуновской динамики. — М: Научный центр биологических исследований АН СССР, 1981. — Препринт.
  20. В. Д. Лахно, Н. С. Фиалко. Динамика переноса заряда вдоль олигонуклеотида при конечной температуре // Биофизика. — 2004. — Т. 49, № 1.
  21. А. И. Нейштадт. О разделении движений в системах с быстро вращающейся фазой // ПММ. — 1984. — Т. 48, № 2. — С. 197–204.
  22. М. В. Федорюк. Адиабатический инвариант системы линейных осцилляторов и теория рассеяния // Дифференциальные Уравнения. — 1976. — Т. XII, № 6. — С. 1012–1018.
  23. С. Чандрасекар. Стохастические проблемы в физике и астрономии. — М: Государственное издательство иностранной литературы, 1947. — Под ред. Н. Н. Боголюбова.

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"