All issues

List of references:

1. T. Abeel, Y. Saeys, E. Bonnet, P. Rouzé, Y. Van de Peer. Generic eukaryotic core promoter prediction using structural features of DNA // Genome Research. — 2008. — V. 18. — P. 310–23. — DOI: 10.1101/gr.6991408.
2. V. B. Bajic, S. L. Tan, Y. Suzuki, S. Sugano, S. L. Tan, Y. Suzuki, S. Sugano, Y. Suzuki, S. Sugano, S. Sugano. Promoter prediction analysis on the whole human genome // Nat. Biotechnol. — 2004. — V. 22. — P. 1467–1473. — DOI: 10.1038/nbt1032.
3. N. B. Becker, L. Wolff, R. Everaers. Indirect readout: detection of optimized subsequences and calculation of relative binding affinities using different DNA elastic potentials // Nucleic Acids Res. — 2006. — V. 34. — P. 5638–5649. — DOI: 10.1093/nar/gkl683.
4. X. Q. Cao, Zeng J., H. Yan. Structural property of regulatory elements in human promoters // Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. — 2008. — V. 77, no. 4 Pt 1. — 041908. — DOI: 10.1103/PhysRevE.77.041908.
5. D. G. Dineen, A. Wilm, P. Cunningham, D. G. Higgins. High DNA melting temperature predicts transcription start site location in human and mouse // Nucleic Acids Res. — 2009. — V. 37, no. 22. — P. 7360–7. — DOI: 10.1093/nar/gkp821.
6. H. Faiger, M. Ivanchenko, I. Cohen, T. E. Haran. TBP flanking sequences: Asymmetry of binding, long-range effects and consensus sequences // Nucleic Acids Res. — 2006. — V. 34. — P. 104–119. — DOI: 10.1093/nar/gkj414.
7. K. Florquin, Y. Saeys, S. Degroeve, P. Rouzé, Y. Van de Peer. Large-scale structural analysis of the core promoter in mammalian and plant genomes // Nucleic Acids Res. — 2005. — V. 33, no. 13. — P. 4255–64. — DOI: 10.1093/nar/gki737.
8. S. L. Grokhovsky, I. A. Il'icheva, D. Yu. Nechipurenko, M. V. Golovkin, L. A. Panchenko, R. V. Polozov, Yu. D. Nechipurenko. Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA // Biophys. J. — 2011. — V. 100, no. 1. — P. 117–25. — DOI: 10.1016/j.bpj.2010.10.052.
9. I. A. Il'icheva, D. Y. Nechipurenko, S. L. Grokhovsky. Ultrasonic cleavage of nicked DNA // J. Biomol Struct Dyn. — 2009. — V. 27, no. 3. — P. 391–8. — DOI: 10.1080/07391102.2009.10507325.
10. K. Liolios, N. Tavernarakis, P. Hugenholtz, N. C. Kyrpides. The Genomes On Line Database (GOLD) v.2: A monitor of genome projects worldwide // Nucleic Acids Res. — 2006. — V. 34. — P. D332–D334. — DOI: 10.1093/nar/gkj145.
11. S. C. Parker, L. Hansen, H. O. Abaan, T. D. Tullius, E. H. Margulies. Local DNA topography correlates with functional noncoding regions of the human genome // Science. — 2009. — V. 324, no. 5925. — P. 389–92. — DOI: 10.1126/science.1169050. — ads: 2009Sci...324..389P.
12. A. G. Pedersen, P. Baldi, Y. Chauvin, S. Brunak. DNA Structure in Human RNA Polymerase II Promoters // J. Mol. Biol. — 1998. — V. 281. — P. 663–673. — DOI: 10.1006/jmbi.1998.1972.
13. R. Rohs, S. M. West, P. Liu, B. Honig. Nuance in the double-helix and its role in protein–DNA recognition // Curr. Opin. in Struct. Biol. — 2009. — V. 19. — P. 171–177. — DOI: 10.1016/j.sbi.2009.03.002.
14. V. Solovyev, P. Kosarev, I. Seledsov, D. Vorobyev. Automatic annotation of eukaryotic genes, pseudogenes and promoters // Genome Biol. — 2006. — V. 7. — P. 11–12. — DOI: 10.1186/gb-2006-7-s1-s10.
15. S. O. Sonnenburg, A. Zien, G. Rätsch. ARTS: Accurate recognition of transcription starts in human // Bioinformatics. — 2006. — V. 22. — P. 472–480. — DOI: 10.1093/bioinformatics/btl250.
16. G. Wang, W. Zhang. A steganalysis-based approach to comprehensive identification and characterization of functional regulatory elements // Genome Biol. — 2006. — V. 7. — P. R49. — DOI: 10.1186/gb-2006-7-6-r49.
17. М. В. Головкин, Д. Ю. Нечипуренко, И. А. Ильичева, Л. А. Панченко, Р. В. Полозов, С. Л. Гроховский, Ю. Д. Нечипуренко. Математические методы анализа электрофоретических картин расщепления ДНК // Компьютерные исследования и моделирование. — 2009. — Т. 1. — С. 287–295. — DOI: 10.20537/2076-7633-2009-1-3-287-295.
18. С. Л. Гроховский. Специфичность расщепления ДНК ультразвуком // Мол. биология. — 2006. — Т. 40. — С. 317–325.
19. С. Л. Гроховский, И. А. Ильичева, Д. Ю. Нечипуренко, Л. А. Панченко, Р. В. Полозов, Ю. Д. Нечипуренко. Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука // Биофизика. — 2008. — Т. 53. — С. 417–425.
20. Ю. Д. Нечипуренко, М. В. Головкин, Д. Ю. Нечипуренко, И. А. Ильичева, Л. А. Панченко, Р. В. Полозов, С. Л. Гроховский. Характерные особенности расщепления ДНК ультразвуком // Журнал структурной химии. — 2009. — Т. 50. — С. 1040–1047.