All issues

В данной статье описывается опыт команды Лаборатории информационных технологий Объединенного института ядерных исследований по адаптации прикладных программных пакетов для работы в различных грид-средах. Указаны особенности «гридификации» приложений в зависимости от возможных режимов их запуска и типа подходящих вычислительных ресурсов. Перечислены конкретные приложения и грид-среды, для использования в которых были адаптированы эти пакеты.

This article describes an experience of LIT JINR team in application software packages adaptation for running in different grid environments. Peculiarities of the applications “gridification” depending on their possible launch modes and a type of the matching computational resources are given. The particular applications and grid environments which applications are adopted for are listed.

В данной работе представлена модель смеси распределений вероятностей сигнала и шума. Как правило, при анализе данных в условиях неопределенности приходится использовать непараметрические критерии. Однако при анализе нестационарных данных при наличии неопределенности по виду закона распределения и его параметрам они могут оказаться малоэффективными. Рассматриваемая модель подразумевает реализацию случая априорной непараметрической неопределенности при обработке сигнала в условиях, когда возможно разделение сигнала и шума как компонентов, относящихся к разным генеральным совокупностям.

This paper presents a model mixture of probability distributions of signal and noise. Typically, when analyzing the data under conditions of uncertainty it is necessary to use nonparametric tests. However, such an analysis of nonstationary data in the presence of uncertainty on the mean of the distribution and its parameters may be ineffective. The model involves the implementation of a case of a priori non-parametric uncertainty in the processing of the signal at a time when the separation of signal and noise are related to different general population, is feasible.

Данная работа посвящена численному моделированию тепломассообменных процессов в микроканалах. Микроканалы — каналы, характерный диаметр которых порядка 100 мкм, интерес к изучению процессов в которых растёт с каждым годом, в связи с бурным развитием микрофлюидной техники. Исследование проводилось с помощью программного комплекса σFlow. Были рассмотрены изотермические и неизотермические течения в микроканалах различной конфигурации. Полученные результаты сравнивались с имеющимися экспериментальными или аналитическими данными и в целом для всех задач получено хорошее их согласование.

This article is dedicated to numerical modeling of heat and mass transfer processes in microchannels. Microchannels are channels, that characteristic diameter is about 100 μm. Interest to the study of processes in them is growing every year, due to the rapid development of microfluid technique. The study was conducted using the software package σFlow. Isothermal and nonisothermal flows in microchannels of various configurations were considered. The obtained results were compared with available experimental and analytical data. In general for all problems a good agreement was obtained.

В данной работе нами представлена база данных, спроектированная для хранения профилей физических свойств вдоль двойной спирали ДНК, и продемонстрировано ее использование для хранения, поиска и анализа промоторных последовательностей E. coli. Отличительным свойством предложенной базы данных является то, что весь профиль хранится как единый объект, который с точки зрения СУБД полностью подобен строке или числу. Такие объекты СУБД может сравнивать друг с другом и осуществлять быструю выборку на основании индексов. В базу данных загружена информация о 1227 известных промоторах. Для каждого промотора сохранена нуклеотидная последовательность, а также вычислен и загружен в базу профиль электростатического потенциала промоторной ДНК. Кроме того, каждый промотор связан с генами, транскипцию которых он регулирует, а также с записями о сайтах посадки транскрипционных факторов, влияющих на функционирование промотора. Организован доступ к базе данных через интернет; исходные коды доступны для скачивания, а содержимое базы данных может быть выслано авторами по запросу.

Database to store, search and retrieve DNA physical properties profiles has been developed and its use for analysis of E. coli promoters has been demonstrated. Unique feature of the database is in its ability to handle whole profile as single internal object type in a way similar to integers or character strings. To demonstrate utility of such database it was populated with data of 1227 known promoters, their nucleotide sequence, profile of electrostatic potential, transcription factor binding sites. Each promoter is also connected to all genes, whose transcription is controlled by that promoter. Content of the database is available for search via web interface. Source code of profile datatype and library to work with it from R/Bioconductor are available from the internet, dump of the database is available from authors by request.

Рассмотрены вопросы предметной интерпретации квазиклеточных сетей в задачах моделирования потоков людей на различных объектах их массового пребывания. Квазиклеточные сети представляют собой фундаментальные дискретные структуры, не имеющие сигнатуры. Предлагаемый подход позволяет в рамках одной дискретной структуры реализовать микро и макромоделирование потоков людей, а также визуализацию данных. Отдельно рассмотрены интерпретации многосортности потоков в квазиклеточных сетях для случая фанатов на стадионах, а также распространения огня и отравляющих веществ на объектах массового пребывания людей. Подход соответствует указаниям МЧС России от 03.02.2009 г. № 7-3-113.

Problems of application of quasicellular networks for simulation of flows of visitors in different public spaces are considered. Quasicellular networks are basic discrete structures without signature. Proposed approach may be used to create simulations on micro and macro levels. It also may be used for creating geometrical models. There are also multi-flow systems for simulation of sports fans in a sports arena, propagation of fire and poison in public spaces. This approach satisfies the requirements of MOE of Russia № 7-3-113.

В статье рассматривается нелинейная модель динамики численности разновозрастных занятых в экономике региона, построенная по принципам базового моделирования в эконофизике. Продемонстрированы сложные режимы динамики модели, накладывающие фундаментальные ограничения на средне- и долгосрочный прогноз численности занятых в регионе. По аналогии с биофизическим подходом предложена классификация социальных взаимодействий разновозрастных работников. Приведен модельный анализ оценки уровня занятости среди возрастных групп населения. Верификация модели проведена на статистических данных Еврейской автономной области.

The article deals with the nonlinear model of population dynamics of different ages workers in the regional economy. The model is built on the principles underlying modeling in econophysics. The authors demonstrate the complex dynamics of the model regimes that impose fundamental limits on medium- and long-term forecast of employment in a region. By analogy with the biophysical approach the authors propose a classification of social interactions of the different age-group workers. The model analysis is given for the level of employment among age groups. The verification of the model performs on the statistical data of the Jewish Autonomous Region.

Построена молекулярная модель взаимодействия фикобилисомыс ОСР, белком-тушителем, регулирующим передачу энергии от фикобилисом к фотосистемам в пигментном аппарате цианобактерий. Полученная модель не требует нарушения известной по рентгеноструктурным данным пространственной структуры взаимодействующих белков, а также позволяет удовлетворительно описать процесс переноса энергии к ОСР от фикобилисомы. Методом MM–PBSA рассчитана свободная энергия образования комплекса. Показано, что свободная энергия имеет величину не более нескольких десятков кДж/моль, что хорошо согласуется с наблюдаемой в эксперименте небольшой устойчивостью комплекса. Показано, что удельная свободная энергия взаимодействия рассматриваемых в модели весьма гидрофильных белков друг с другом примерно в два раза превышает удельную энергию их взаимодействия с водой, что свидетельствует о высокой комплементарности контактирующих белковых поверхностей и является сильным аргументом в пользу предложенной модели.

A molecular model of phicobilisome complex with a quenching protein OCP which regulates the energy transfer from phicobilisome to photosystem in photosynthetic apparatus of cyanobacteria has been developed. In the model obtained a well known spatial structure of interacting proteins remains intact and also the energy transfer from phycobilisome to OCP with reasonable rates is possible. Free energy of complex formation was calculated using MM–PBSA approach. By the order of magnitude this energy is about tens of kJ/mole. This value correlates well with experimental observed low stability of this complex. The specific surface energy of interaction between hydrophylic phicobilisome and OCP is twice larger than specific surface energy of their interaction with water. This reflects a high molecular complementary of interacting protein surfaces and is a strong pro argument for proposed model.

В работе проведен расчет 1/2-волнового преобразователя продольных ультразвуковых колебаний и волнового преобразователя продольно-крутильных ультразвуковых колебаний методом конечных элементов в среде программного пакета Abaqus. В результате расчета определены размеры концентратора продольно-крутильных колебаний и частотно-амплитудные характеристики преобразователей продольных и продольно-крутильных колебаний. Наложение продольно-крутильных колебаний на инструмент в процессах поверхностно-упрочняющей обработки деталей из титановых сплавов позволит уменьшить адгезионную составляющую трения в зоне контакта. Проведено сравнение результатов конечноэлементного расчета частотно-амплитудных характеристик преобразователей с экспериментальными данными, погрешность расчета не превышает 2.5 %.

In this study the calculation of 1/2-wave transducer of longitudinal ultrasonic oscillations and one wave transducer of longitudinal-torsion ultrasonic oscillations were carried out by finite element method with use of Abaqus. Dimensions of the concentrator of longitudinal-torsional oscillations and frequency-amplitude characteristics of the transducers of longitudinal and longitudinal-torsional oscillations were defined by calculation. Application of ultrasonic longitudinal-torsional oscillations at tool during surface-strengthening treatment of details made of titanium will allow to reduce adhesion portion of friction in the contact zone. A comparison of results of finite-element calculation of frequency-amplitude characteristics with experimental ones were made and calculation error does not exceed 2.5 %.

Компактный мюонный соленоид (CMS) — высокоточная детекторная установка на Большом адронном коллайдере (LHC) в ЦЕРН. Для осуществления обработки и анализа данных в CMS была разработана система распределенного анализа данных, предполагающая обязательное использование современных грид-технологий. Модель компьютинга для CMS — иерархическая (в смысле создания вычислительных центров разного уровня). Объединенный институт ядерных исследований (ОИЯИ) принимает активное участие в эксперименте CMS. В ОИЯИ создается центр 1-го уровня (Tier1) для CMS c целью обеспечения необходимой компьютерной инфраструктурой ОИЯИ и российских институтов, участвующих в эксперименте CMS. В работе описаны основные задачи и сервисы центра Tier1 для CMS в ОИЯИ и представлены статус и перспективы его развития.

The Compact Muon Solenoid (CMS) is a high-performance general-purpose detector at the Large Hadron Collider (LHC) at CERN. A distributed data analysis system for processing and further analysis of CMS experimental data has been developed and this model foresees the obligatory usage of modern grid-technologies. The CMS Computing Model makes use of the hierarchy of computing centers (Tiers). The Joint Institute for Nuclear Research (JINR) takes an active part in the CMS experiment. In order to provide a proper computing infrastructure for the CMS experiment at JINR and for Russian institutes collaborating in CMS, Tier-1 center for the CMS experiment is constructing at JINR. The main tasks and services of the CMS Tier-1 at JINR are described. The status and perspectives of the Tier1 center for the CMS experiment at JINR are presented.

С помощью программы, созданной на принципах компьютерного автоматизированного анализа, на планарных сцинтиграммах скелета больных диссеминированным раком молочной железы выделены очаги гиперфиксации радиофармпрепарата. Рассчитаны гистограммные параметры: средняя яркость, гладкость яркости, третий момент яркости, однородность яркости, энтропия яркости. Установлено, что в большинстве зон скелета значения гистограммных параметров в патологических очагах гиперфиксации преобладают над аналогичными значениями в физиологических. Наиболее часто в патологических очагах гиперфиксации, как на передних, так и на задних сцинтиграммах, фиксируется преобладание показателей яркости и гладкости яркости изображения по сравнению с аналогичными показателями физиологических очагов гиперфиксации радиофармпрепарата. Отдельные показатели гистограммного анализа используются в уточняющей диагностике метастазов при математическом моделировании и интерпретации данных остеосцинтиграфии.

The practical application of nuclear medicine demonstrates the continued information deficiency of the algorithms and programs that provide visualization and analysis of medical images. The aim of the study was to determine the principles of optimizing the processing of planar osteostsintigraphy on the basis of сomputer aided diagnosis (CAD) for analysis of texture descriptions of images of metastatic zones on planar scintigrams of skeleton. A computer-aided diagnosis system for analysis of skeletal metastases based on planar scintigraphy data has been developed. This system includes skeleton image segmentation, calculation of textural, histogram and morphometrical parameters and the creation of a training set. For study of metastatic images’ textural characteristics on planar scintigrams of skeleton was developed the computer program of automatic analysis of skeletal metastases is used from data of planar scintigraphy. Also expert evaluation was used to distinguishing ‘pathological’ (metastatic) from ‘physiological’ (non-metastatic) radiopharmaceutical hyperfixation zones in which Haralick’s textural features were determined: autocorrelation, contrast, ‘forth moment’ and heterogeneity. This program was established on the principles of сomputer aided diagnosis researches planar scintigrams of skeletal patients with metastatic breast cancer hearths hyperfixation of radiopharmaceuticals were identified. Calculated parameters were made such as brightness, smoothness, the third moment of brightness, brightness uniformity, entropy brightness. It has been established that in most areas of the skeleton of histogram values of parameters in pathologic hyperfixation of radiopharmaceuticals predominate over the same values in the physiological. Most often pathological hyperfixation of radiopharmaceuticals as the front and rear fixed scintigramms prevalence of brightness and smoothness of the image brightness in comparison with those of the physiological hyperfixation of radiopharmaceuticals. Separate figures histogram analysis can be used in specifying the diagnosis of metastases in the mathematical modeling and interpretation bone scintigraphy. Separate figures histogram analysis can be used in specifying the diagnosis of metastases in the mathematical modeling and interpretation bone scintigraphy.