Combination of different simulation techniques in the complex model of photosynthetic membrane

 pdf (1028K)  / Annotation

List of references:

  1. А. М. Абатурова, И. Б. Коваленко, Г. Ю. Ризниченко, А. Б. Рубин. Исследование образования комплекса флаводоксина и фотосистемы 1 методами прямого многочастичного компьютерного моделирования // Компьютерные исследования и моделирование. — 2009. — Т. 1. — С. 85–91. — DOI: 10.20537/2076-7633-2009-1-1-85-91.
  2. А. В. Вершубский, В. И. Приклонский, А. Н. Тихонов. Математическая модель электронного и протонного транспорта в фотосинтетических системах оксигенного типа // Росcийский химический журнал. — 2007. — Т. LI.
  3. И. Б. Коваленко, А. М. Абатурова, Г. Ю. Ризниченко, А. Б. Рубин. Новый метод компьютерного моделирования образования белок-белковых комплексов // Доклады Академии наук. — 2009. — Т. 427. — С. 696–698.
  4. Г. В. Лебедева, Н. Е. Беляева, Г. Ю. Ризниченко и др. Кинетическая модель фотосистемы II высших растений // Журнал физической химии. — 2000. — Т. 74. — С. 1874–1883.
  5. A.T. Мокроносов, В.Ф. Гавриленко. Фотосинтез. Физиолого-экологические и биохимические аспекты. — Москва: Изд-во МГУ, 1992.
  6. Г. Ю. Ризниченко, Н. Е. Беляева, И. Б. Коваленко, А. Б. Рубин. Математическое и компьютерное моделирование первичных процессов фотосинтеза // Биофизика. — 2009. — Т. 54. — С. 16–33.
  7. А. Н. Тихонов, Л. А. Блюменфельд. Концентрация водородных ионов в в субклеточных частицах: физический смысл и методы определения // Биофизика. — 1985. — Т. 30. — С. 527–537.
  8. Д. М. Устинин, И. Б. Коваленко, Е. А. Грачев и др. Метод прямого многочастичного компьютерного моделирования фотосинтетической электронно-транспортной цепи / Динамические модели процессов в клетках и субклеточных наноструктурах. — 2010. — С. 241–262.
  9. P. A. Albertsson. A quantitative model of the domain structure of the photosynthetic membrane // Trends in Plant Science. — 2001. — V. 6. — P. 349–354. — DOI: 10.1016/S1360-1385(01)02021-0.
  10. W. Chow, A. B. Hope. Kinetics of reactions around the cytochrome bf complex studied in intact leaf disks // Photosynthetic Research. — 2004. — V. 81. — P. 153–163. — DOI: 10.1023/B:PRES.0000035027.02655.8c.
  11. F. De Rienzo, R. R. Gabdoulline, M. C. Menziani, et al. Electrostatic analysis and Brownian dynamics simulation of the association of plastocyanin and cytochrome f // Biophysical Journal. — 2001. — V. 81. — P. 3090–3104. — DOI: 10.1016/S0006-3495(01)75947-4. — ads: 2001BpJ....81.3090D.
  12. E. L. Gross. Plastocyanin: structure, location, diffusion and electron transfer mechanisms / Biochemistry and Molecular Biology of Plants. — Kluwer Academic Publishers, 1996. — P. 413–429. — edited by R. Jones.
  13. E. L. Gross, Jr. D. C. Pearson. Brownian Dynamics Simulations of the Interaction of Chlamydomonas Cytochrome f with Plastocyanin and Cytochrome c6 // Biophysical Journal. — 2003. — V. 85. — P. 2055–2068. — DOI: 10.1016/S0006-3495(03)74633-5. — ads: 2003BpJ....85.2055G.
  14. A. B. Hope. The chloroplast cytochrome bf complex: a critical focus on function // Biochim. Biophys. Acta. — 1993. — V. 1143. — P. 1–22. — DOI: 10.1016/0005-2728(93)90210-7.
  15. A. B. Hope. Electron transfers amongst cytochrome f, plastocyanin and photosystem I: kinetics and mechanisms // Biochim. Biophys. Acta. — 2000. — V. 1456. — P. 5–26. — DOI: 10.1016/S0005-2728(99)00101-2.
  16. M. Mehta, V. Sarafis, C. Critchley. Thylakoid membrane architecture // Australian Journal of Plant Physiology. — 1999. — V. 26. — P. 709–716. — DOI: 10.1071/PP99068.
  17. D. C. Pearson, E. L. Gross. Brownian dynamics study of the interaction between plastocyanin and cytochrome f // Biophysical Journal. — 1998. — V. 75. — P. 2698–2711. — DOI: 10.1016/S0006-3495(98)77714-8. — ads: 1998BpJ....75.2698P.
  18. G. Y. Riznichenko, I. B. Kovalenko, A. M. Abaturova, et al. New direct dynamic models of protein interactions coupled to photosynthetic electron transport reactions // Biophysical Reviews. — 2010. — V. 2. — P. 101–110. — DOI: 10.1007/s12551-010-0033-4.
  19. A. B. Rubin, G. Y. Riznichenko. Models of primary processes in a photosynthetic membrane // Advances in Photosynthesis and respiration. — 2009. — V. 29. — P. 151–176. — DOI: 10.1007/978-1-4020-9237-4_7.
  20. A. Stirbet, Govindjee, B. J. Strasser, R. J. Strasser. Chlorophylla Fluorescence Induction in Higher Plants: Modelling and Numerical Simulation // Journal of Theoretical Biology. — 1998. — V. 193. — P. 131–151. — DOI: 10.1006/jtbi.1998.0692.
  21. M. Ubbink, M. Ejdeback, G. B. Karlsson, D. S. Bendall. The structure of the complex of plastocyanin and cytochrome f, determined by paramagnetic NMR and restrained rigid-body molecular dynamics // Structure. — 1998. — V. 6. — P. 323–335. — DOI: 10.1016/S0969-2126(98)00035-5.
  22. G. M. Ullmann, E.-W. Knapp, N. M. Kostic. Computational Simulation and Analysis of Dynamic Association between Plastocyanin and Cytochrome f. Consequences for the Electron-Transfer Reaction // Journal of American Chemical Society. — 1997. — V. 119. — P. 42–52. — DOI: 10.1021/ja962237u.

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"