All issues

В данной работе представлены модели железоникелевой гидрогеназы HydSL пурпурной серной бактерии Thiocapsa roseopersicina BBS. Показано, что полученные модели обладают более высоким уровнем доверия по сравнению с опубликованными ранее; впервые получена полноразмерная модель HydSL-гидрогеназы. Показана свободная ориентация С-концевого фрагмента малой субъединицы относительно основной белковой глобулы. Показано, что у термостабильной гидрогеназы HydSL Allochromatium vinosum и у полученной нами модели примерно одинаковое количество межсубъединичных ионных пар и их больше, чем у термолабильной гидрогеназы HydAB Desulfovibrio vulgaris.

The results of homology modeling of HydSL, a NiFe-hydrogenase from purple sulphur bacterium Thiocapsa roseopersicina BBS are presented in this work. It is shown that the models have larger confidence level than earlier published ones; a full-size model of HydSL hydrogenase is presented for the first time. The C-end fragment of the enzyme is shown to have random orientation in relation to the main protein globule. The obtain models have a large number of ion pairs, as well as thermostable HydSL hydrogenase from Allochromatium vinosum, in contrast to thermolabile HydAB hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris.

Вариационные неравенства представляют собой широкий класс задач, имеющих применение во множестве областей, включая теорию игр, экономику и машинное обучение. Однако, методы решения современных вариационных неравенств становятся все более вычислительно требовательными. Поэтому растет необходимость использовать распределенных подходов для решения таких задач за разумное время. В распределенной постановке вычислительным устройствам необходимо обмениваться данными друг с другом, что является узким местом. Существует три основных приема снижения стоимости и количества обменов данными: использование похожести локальных операторов, сжатие сообщений и применение локальных шагов на устройствах. Известен алгоритм, который использует эти три техники одновременно для решения распределенных вариационных неравенств и превосходит все остальные методы с точки зрения коммуникационных затрат. Однако этот метод работает только с так называемыми несмещенными операторами сжатия. Между тем использование смещенных операторов приводит к лучшим результатам на практике, но требует дополнительных модификаций алгоритма и больших усилий при доказательстве сходимости. В этой работе представляется новый алгоритм, который решает распределенные вариационные неравенства, используя похожесть локальных операторов, смещенное сжатие и локальные обновления на устройствах; выводится теоретическая сходимость такого алгоритма и проводятся эксперименты.

Variational inequalities constitute a broad class of problems with applications in a number of fields, including game theory, economics, and machine learning. Today’s practical applications of VIs are becoming increasingly computationally demanding. It is therefore necessary to employ distributed computations to solve such problems in a reasonable time. In this context, workers have to exchange data with each other, which creates a communication bottleneck. There are three main techniques to reduce the cost and the number of communications: the similarity of local operators, the compression of messages and the use of local steps on devices. There is an algorithm that uses all of these techniques to solve the VI problem and outperforms all previous methods in terms of communication complexity. However, this algorithm is limited to unbiased compression. Meanwhile, biased (contractive) compression leads to better results in practice, but it requires additional modifications within an algorithm and more effort to prove the convergence. In this work, we develop a new algorithm that solves distributed VI problems using data similarity, contractive compression and local steps on devices, derive the theoretical convergence of such an algorithm, and perform some experiments to show the applicability of the method.

Рассматривается подход для анализа некоторых биологических систем большой размерности, для которых справедливы предположения о квазиравновесных стадиях. Подход позволяет редуцировать детальные модели большой размерности и получить упрощенные модели, имеющие аналитическое решение. Это дает возможность достаточно точно воспроизводить экспериментальные кривые. Рассматриваемый подход был применен к детальной модели первичных процессов фотосинтеза в реакционном центре фотосистемы II. Упрощенная модель фотосистемы II хорошо описывает экспериментальных кривые индукции флуоресценции для высших и низших растений, полученные при разных интенсивностях света. Выведенные соотношения между переменными и параметрами детальной и упрощенной моделей, позволили использовать полученные оценки параметров упрощенной модели для описания динамики различных состояний фотосистемы II детальной модели.

The approach for the analysis of some large-scale biological systems, on the base of quasiequilibrium stages is proposed. The approach allows us to reduce the detailed large-scaled models and obtain the simplified model with an analytical solution. This makes it possible to reproduce the experimental curves with a good accuracy. This approach has been applied to a detailed model of the primary processes of photosynthesis in the reaction center of photosystem II. The resulting simplified model of photosystem II describes the experimental fluorescence induction curves for higher and lower plants, obtained under different light intensities. Derived relationships between variables and parameters of detailed and simplified models, allow us to use parameters of simplified model to describe the dynamics of various states of photosystem II detailed model.

Представленная работа описывает опыт создания и развёртывания веб-приложения и гридинфраструктуры для решения задач геофизики, требующих большого количества вычислительных ресурсов. В работе представлен обзор технологии и механизма платформы интеграции геофизических приложений с распределёнными вычислительными системами. Разработанная платформа предоставляет собой промежуточное программное обеспечение, предоставляющая удобный доступ к развёрнутым на ее основе геофизическим приложениям. Доступ к приложению осуществляется через веб-браузер. Интеграция новых приложений облегчается за счёт предоставляемого стандартного универсального интерфейса взаимодействия платформы и новым приложением.

Для организации распределённой вычислительной системы применено ПО Gridway, экземпляр которого взаимодействует с виртуализированными вычислительными кластерами. Виртуализация вычислительных кластеров предоставляет новые возможности при утилизации вычислительных ресурсов по сравнению с традиционными схемами организации кластерного ПО.

В качестве пилотной задачи использована обратная задача определение параметров анизотропии коры и верхней мантии по данным телесейсмических наблюдений. Для решения использован вероятностный подход к решению обратных задач, основанный на формализме апостериорной функции распределения (АПФР). При этом вычислительная задача сводится к табулированию многомерной функции. Результат вычислений представлен в удобном для анализа высокоуровневом виде, доступ и управление осуществляется при помощи СУБД. Приложение предоставляет инструменты анализу АПФР: расчет первых моментов, двумерные маргинальные распределения, двумерные сечения АПФР в точках ее максимума. При тестировании веб-приложения были выполнены вычислены как синтетических, так и для реальных данных.

We'd like to present a specific grid infrastructure and web application development and deployment. The purpose of infrastructure and web application is to solve particular geophysical problems that require heavy computational resources. Here we cover technology overview and connector framework internals. The connector framework links problem-specific routines with middleware in a manner that developer of application doesn't have to be aware of any particular grid software. That is, the web application built with this framework acts as an interface between the user 's web browser and Grid's (often very) own middleware.

Our distributed computing system is built around Gridway metascheduler. The metascheduler is connected to TORQUE resource managers of virtual compute nodes that are being run atop of compute cluster utilizing the virtualization technology. Such approach offers several notable features that are unavailable to bare-metal compute clusters.

The first application we've integrated with our framework is seismic anisotropic parameters determination by inversion of SKS and converted phases. We've used probabilistic approach to inverse problem solution based on a posteriory probability distribution function (APDF) formalism. To get the exact solution of the problem we have to compute the values of multidimensional function. Within our implementation we used brute-force APDF calculation on rectangular grid across parameter space.

The result of computation is stored in relational DBMS and then represented in familiar human-readable form. Application provides several instruments to allow analysis of function's shape by computational results: maximum value distribution, 2D cross-sections of APDF, 2D marginals and a few other tools. During the tests we've run the application against both synthetic and observed data.

Моделирование углеродных наноструктур методом классической молекулярной динамики требует больших объемов вычислений. Один из способов повышения производительности соответствующих алгоритмов состоит в их адаптации для работы с SIMD-подобными архитектурами, в частности, с графическими процессорами. В данной работе рассмотрены особенности алгоритмов вычисления многочастичного взаимодействия на основе классических потенциалов Терсоффа и погруженного атома с использованием технологии OpenCL. Стандарт OpenCL позволяет обеспечить универсальность и переносимость алгоритмов и может быть эффективно использован для гетерогенных вычислений. В данной работе сделана оценка производительности OpenCL алгоритмов вычисления межатомного взаимодействия для систем на базе центральных и графических процессоров. Показано, что использование атомарных операций эффективно для вычисления потенциала Терсоффа и неэффективно в случае потенциала погруженного атома. Оценка производительности показывает значительное ускорение GPU реализации алгоритмов вычисления потенциалов межатомного взаимодействия по сравнению с соответствующими однопоточными алгоритмами.

Modeling of carbon nanostructures by means of classical molecular dynamics requires a lot of computations. One of the ways to improve the performance of basic algorithms is to transform them for running on SIMD-type computing systems such as systems with dedicated GPU. In this work we describe the development of algorithms for computation of many-body interaction based on Tersoff and embedded-atom potentials by means of OpenCL technology. OpenCL standard provides universality and portability of the algorithms and can be successfully used for development of the software for heterogeneous computing systems. The performance of algorithms is evaluated on CPU and GPU hardware platforms. It is shown that concurrent memory writes is effective for Tersoff bond order potential. The same approach for embedded-atom potential is shown to be slower than algorithm without concurrent memory access. Performance evaluation shows a significant GPU acceleration of energy-force evaluation algorithms for many-body potentials in comparison to the corresponding serial implementations.

Большие научные проекты генерируют данные на всё более возрастающих скоростях. Типичные методы включают в себя хранение данных на диске, после незначительного фильтрования, а затем их обработку на больших компьютерных фермах. Производство данных достигло той точки, когда требуется обработка в режиме on-line, чтобы отфильтровать данные до управляемых размеров. Потенциальное решение включает в себя использование низко затратных процессоров ARM с маленькой мощностью в больших массивах для обеспечения массивного распараллеливания для вычислений потока данных (DSC). Главное преимущество в использовании систем на одном кристалле (SoCs) присуще самой философии этой разработки. Системы на микросхеме, прежде всего, используются в мобильных устройствах и, следовательно, потребляют меньше энергии при своей относительно хорошей производительности. Дано описание тестирования трех различных моделей процессоров ARM.

Big science projects are producing data at ever increases rates. Typical techniques involve storing the data to disk, after minor filtering, and then processing it in large computer farms. Data production has reached a point where on-line processing is required in order to filter the data down to manageable sizes. A potential solution involves using low-cost, low-power ARM processors in large arrays to provide massive parallelisation for data stream computing (DSC). The main advantage in using System on Chips (SoCs) is inherent in its design philosophy. SoCs are primarily used in mobile devices and hence consume less power while maintaining relatively good performance. A benchmarking characterisation of three different models of ARM processors will be presented.

В данной работе рассматривается идея системы информационной поддержки научных проектов и построение комплекса слежения за вычислительными задачами. Ввиду больших потребностей в вычислительных экспериментах предоставление информации о вычислительных задачах на HPC-ресурсах становится одной из важнейших проблем. В качестве решения этой проблемы предлагается нестандартное использование системы service desk — построение на ее базе комплекса слежения за выполнением вычислительных задач на распределенной системе и ее сопровождения. Особое внимание в статье уделено анализу и удовлетворению противоречивых требований к комплексу со стороны разных групп пользователей. Помимо этого, рассмотрена система веб-служб, служащая для интеграции комплекса слежения с окружением датацентра. Данный набор веб-служб является основным связующим компонентом системы поддержки научных проектов и позволяет гибко изменять конфигурацию системы в целом в любое время с минимальными потерями.

This work describes the idea of the system of informational support for the scientific projects and the development of computational task tracking complex. Due to large requirements for computational experiments the problem of presentation of the information about HPC tasks becomes one of the most important. Nonstandard usage of the service desk system as a basis of the computational task tracking and support system can be the solution of this problem. Particular attention is paid to the analysis and the satisfaction of the conflicting requirements to the task tracking complex from the different user groups. Besides the web service kit used for the integration of the task tracking complex and the datacenter environment is considered. This service kit became the main interconnect between the parts of the scientific project support system and also this kit allows to reconfigure the whole system quickly and safely.

Представлен обзор распределенной вычислительной инфраструктуры ресурсных центров коллаборации WLCG для экспериментов БАК. Особое внимание уделено описанию решаемых задач и основным сервисам нового ресурсного центра уровня Tier-1, созданного в Национальном исследовательском центре «Курчатовский институт» для обслуживания ALICE, ATLAS и LHCb экспериментов (г. Москва).

The review of the distributed computing infrastructure of the Tier-1 sites for the Alice, ATLAS, LHCb experiments at the LHC is given. The special emphasis is placed on the main tasks and services of the Tier-1 site, which operates in the Kurchatov Institute in Moscow.

Грид-инфраструктура — компьютерная инфраструктура нового типа, обеспечивающая глобальную интеграцию информационных и вычислительных ресурсов. Грид-сегмент в Азербайджане был создан в 2008 году в Институте физики НАН при активной поддержке международных организаций ОИЯИ и CERN. Грид приобретает все большую популярность в научно-исследовательских и образовательных центрах Азербайджана. Среди основных направлений использования грид на данный момент можно выделить научные исследования в физике высоких энергий, физике твердого тела, энергетике, астрофизике, биологии, науках о Земле, а также в медицине.

Grid is a new type of computing infrastructure, is intensively developed in today world of information technologies. Grid provides global integration of information and computing resources. The essence Conception of GRID in Azerbaijan is to create a set of standardized services to provide a reliable, compatible, inexpensive and secure access to geographically distributed high-tech information and computing resources a separate computer, cluster and supercomputing centers, information storage, networks, scientific tools etc.

В статье рассматривается подход совершенствования технологий обработки информации на основе логико-семантической сети (ЛСС) «Вопрос–ответ–реакция», направленный на формирование и поддержку каталожной службы, обеспечивающей эффективный поиск ответов на вопросы [Большой энциклопедический словарь, 1998; Касавин, 2009]. В основу такой каталожной службы положены семантические связи, отражающие логику изложения авторской мысли в рамках данной публикации, темы, предметной области. Структурирование и поддержка этих связей позволят работать с полем смыслов, обеспечив новые возможности для исследования корпуса документов электронных библиотек (ЭБ) [Касавин, 2009]. Формирование каталога информационного фонда (ИФ) включает: формирование лексического словаря ИФ; построение дерева классификации ИФ по нескольким основаниям; классификация ИФ по вопросно-ответным темам; формирование поисковых запросов, адекватных дереву классификации вопросно-ответных тем (таблица соответствия «запрос → ответ ↔ {вопрос–ответ–реакция}»); автоматизированный поиск запросов по тематическим поисковым машинам; анализ ответов на запросы; поддержка каталога ЛСС на этапе эксплуатации (пополнение и уточнение каталога). Технология рассматривается для двух ситуаций: 1) ИФ уже сформирован; 2) ИФ отсутствует, его необходимо создать.

The article discusses the approach to the improvement of information processing technology on the basis of logical-semantic network (LSN) Question–Answer–Reaction aimed at formation and support of the catalog service providing efficient search of answers to questions.

The basis of such a catalog service are semantic links, reflecting the logic of presentation of the author's thoughts within the framework this publication, theme, subject area. Structuring and support of these links will allow working with a field of meanings, providing new opportunities for the study the corps of digital libraries documents. Cataloging of the information fund includes: formation of lexical dictionary; formation of the classification tree for several bases; information fund classification for question–answer topics; formation of the search queries that are adequate classification trees the question–answer; automated search queries on thematic search engines; analysis of the responses to queries; LSN catalog support during the operational phase (updating and refinement of the catalog). The technology is considered for two situations: 1) information fund has already been formed; 2) information fund is missing, you must create it.