Результаты поиска по 'процесс':
Найдено статей: 483
  1. Нефедова О.А., Спевак Л.Ф., Казаков А.Л., Ли М.Г.
    Применение метода нулевого поля для решения двумерного нелинейного уравнения теплопроводности
    Компьютерные исследования и моделирование, 2023, т. 15, № 6, с. 1449-1467

    В работе рассмотрена краевая задача о движении тепловой волны для вырождающегося уравнения второго порядка параболического типа со степенной нелинейностью. Краевое условие задает уравнение движения на плоскости нулевого фронта тепловой волны, имеющего форму окружности. Предложен новый численно-аналитический алгоритм, в соответствии с которым решение строится по шагам по времени при разностной схеме дискретизации времени. На каждом шаге рассматривается краевая задача для уравнения Пуассона, к которому сводится исходное уравнение. Фактически она является обратной задачей Коши, в которой исходная граница области решения свободна от граничных условий, а на текущей границе (фронте волны) заданы два условия (Неймана и Дирихле). Решение этой задачи ищется в виде суммы частного решения уравнения Пуассона и решения соответствующего уравнения Лапласа, удовлетворяющего граничным условиям. Поскольку неоднородность зависит от искомой функции и ее производных, решение строится итерационно. Частное решение ищется методом коллокаций с помощью разложения неоднородности по радиальным базисным функциям. Обратная задача Коши для уравнения Лапласа решается методом нулевого поля применительно к круговым областям с круговыми отверстиями. Для таких задач этот метод применяется впервые. Вычислительный алгоритм оптимизирован за счет распараллеливания вычислений. Распараллеливание вычислений позволило эффективно реализовать алгоритм на высокопроизводительных вычислительных системах. На базе алгоритма была создана компьютерная программа. В качестве средства распараллеливания был выбран стандарт параллельного программирования OpenMP для языка программирования C++ как наиболее подходящий для вычислительных программ с параллельными циклами. Эффективность алгоритма и работоспособность программы были проверены сравнением результатов расчетов с известным точным решением, а также с численным решением, полученным авторами ранее с помощью метода граничных элементов. Проведенный вычислительный эксперимент показал хорошую сходимость итерационных процессов и более высокую точность нового алгоритма по сравнению с разработанным ранее. Анализ решений позволил определить наиболее подходящую систему радиальных базисных функций.

    Nefedova O.A., Spevak L.P., Kazakov A.L., Lee M.G.
    Solution to a two-dimensional nonlinear heat equation using null field method
    Computer Research and Modeling, 2023, v. 15, no. 6, pp. 1449-1467

    The paper deals with a heat wave motion problem for a degenerate second-order nonlinear parabolic equation with power nonlinearity. The considered boundary condition specifies in a plane the motion equation of the circular zero front of the heat wave. A new numerical-analytical algorithm for solving the problem is proposed. A solution is constructed stepby- step in time using difference time discretization. At each time step, a boundary value problem for the Poisson equation corresponding to the original equation at a fixed time is considered. This problem is, in fact, an inverse Cauchy problem in the domain whose initial boundary is free of boundary conditions and two boundary conditions (Neumann and Dirichlet) are specified on a current boundary (heat wave). A solution of this problem is constructed as the sum of a particular solution to the nonhomogeneous Poisson equation and a solution to the corresponding Laplace equation satisfying the boundary conditions. Since the inhomogeneity depends on the desired function and its derivatives, an iterative solution procedure is used. The particular solution is sought by the collocation method using inhomogeneity expansion in radial basis functions. The inverse Cauchy problem for the Laplace equation is solved by the null field method as applied to a circular domain with a circular hole. This method is used for the first time to solve such problem. The calculation algorithm is optimized by parallelizing the computations. The parallelization of the computations allows us to realize effectively the algorithm on high performance computing servers. The algorithm is implemented as a program, which is parallelized by using the OpenMP standard for the C++ language, suitable for calculations with parallel cycles. The effectiveness of the algorithm and the robustness of the program are tested by the comparison of the calculation results with the known exact solution as well as with the numerical solution obtained earlier by the authors with the use of the boundary element method. The implemented computational experiment shows good convergence of the iteration processes and higher calculation accuracy of the proposed new algorithm than of the previously developed one. The solution analysis allows us to select the radial basis functions which are most suitable for the proposed algorithm.

  2. Четырбоцкий А.Н., Четырбоцкий В.А.
    Модель мантийной конвекции в зоне полного цикла субдукции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2024, т. 16, № 6, с. 1385-1398

    Разработана численная 2D-модель погружения холодной океанической плиты в толщу верхней мантии Земли, где этапу начального погружения плиты предшествует установление режима термогравитационной конвекции мантийного вещества. Модельным приближением мантии выступает двумерный образ несжимаемой ньютоновской квазижидкости в декартовой системе координат, где вследствие высокой вязкости среды уравнения мантийной конвекции принимаются в стоксовском приближении. Полагается, что вместе с плитой в верхние слои мантии поступает просочившаяся сюда морская вода. С глубиной рост давления и температуры приводит к определенным потерям ее легких фракций и флюидов, потерям воды и газов водосодержащих минералов плиты, перестройке их кристаллической решетки и, как следствие, фазовым превращениям. Эти потери обусловливают рост плотности плиты и неравномерность распределения вдоль плиты напряжений (начальные участки плиты оказываются менее плотными), что в последствии вместе с воздействием на плиту мантийных течений вызывает ее фрагментацию. Рассматривается состояние мантийной конвекции, когда плита и ее отдельные фрагменты опустились на подошву верхней мантии. Разработаны вычислительные схемы решения уравнений модели. Расчеты мантийной конвекции выполнены в терминах приближения Стокса для завихренности и функции тока, а для расчетов состояния и погружения плиты использован SPH. Выполнен ряд вычислительных экспериментов. Показано, что вследствие воздействия на плиту мантийной конвекции и с развитием вдоль плиты неоднородного поля напряжений происходит ее фрагментация. Следуя уравнениям модели, оценивается время финальной стадии субдукции, т. е. времени выхода всей океанической плиты на дно верхней мантии. В геодинамике этот процесс определяется коллизией плит, следует непосредственно за субдукцией и рассматривается обычно в качестве конечного этапа цикла Уилсона (т. е. цикла развития складчатых поясов).

    Chetyrbotsky A.N., Chetyrbotskii V.A.
    Model of mantle convection in a zone of a complete subduction cycle
    Computer Research and Modeling, 2024, v. 16, no. 6, pp. 1385-1398

    A 2D numerical model of the immersion of a cold oceanic plate into the thickness of the Earth’s upper mantle has been developed, where the stage of the initial immersion of the plate is preceded by the establishment of a regime of thermogravitational convection of the mantle substance. The model approximation of the mantle is a two-dimensional image of an incompressible Newtonian quasi-liquid in a Cartesian coordinate system, where, due to the high viscosity of the medium, the equations of mantle convection are accepted in the Stokes approximation. It is assumed that seawater that has leaked here enters the first horizons of the mantle together with the plate. With depth, the increase in pressure and temperature leads to certain losses of its light fractions and fluids, losses of water and gases of water-containing minerals of the plate, restructuring of their crystal lattice and, as a consequence, phase transformations. These losses cause an increase in the plate density and an uneven distribution of stresses along the plate (the initial sections of the plate are denser), which subsequently, together with the effect of mantle currents on the plate, causes its fragmentation. The state of mantle convection is considered when the plate and its individual fragments have descended to the bottom of the upper mantle. Computational schemes for solving the model equations have been developed. Mantle convection calculations are performed in terms of the Stokes approximation for vorticity and the stream function, and SPH is used to calculate the state and subsidence of the plate. A number of computational experiments have been performed. It is shown that fragmentation of the plate occurs due to the effect of mantle convection on the plate and the development of inhomogeneous stress fields along the plate. Following the equations of the model, the time of the final stage of subduction is estimated, i.e. the time of the entire oceanic plate reaching the bottom of the upper mantle. In geodynamics, this process is determined by the collision of plates that immediately follows subduction and is usually considered as the final stage of the Wilson cycle (i. e., the cycle of development of folded belts).

  3. Павлов П.А.
    Математические модели и методы организации вычислений в мультипроцессорных системах
    Компьютерные исследования и моделирование, 2025, т. 17, № 3, с. 423-436

    В работе предложена и исследована математическая модель распределенной вычислительной системы параллельных взаимодействующих процессов, конкурирующих за использование ограниченного числа копий структурированного программного ресурса. В случаях неограниченного и ограниченного параллелизма по числу процессоров мультипроцессорной системы решены задачи определения оперативных и точных значений времени выполнения неоднородных и одинаково распределенных конкурирующих процессов в синхронном режиме, при котором обеспечивается линейный порядок выполнения блоков структурированного программного ресурса внутри каждого из процессов без задержек. Полученные результаты можно использовать при сравнительном анализе математических соотношений для вычисления времени реализации множества параллельных распределенных взаимодействующих конкурирующих процессов, математическом исследовании эффективности и оптимальности организации распределенных вычислений, решении задач построения оптимальной компоновки блоков одинаково распределенной системы, нахождения оптимального числа процессоров, обеспечивающих директивное время выполнения заданных объемов вычислений. Предложенные модели и методы открывают новые перспективы при решении проблем оптимального распределения ограниченных вычислительных ресурсов, синхронизации множества взаимодействующих конкурирующих процессов, минимизации системных затрат при выполнении параллельных распределенных процессов.

    Pavlov P.A.
    Mathematical models and methods for organizing calculations in SMP systems
    Computer Research and Modeling, 2025, v. 17, no. 3, pp. 423-436

    The paper proposes and investigates a mathematical model of a distributed computing system of parallel interacting processes competing for the use of a limited number of copies of a structured software resource. In cases of unlimited and limited parallelism by the number of processors of a multiprocessor system, the problems of determining operational and exact values of the execution time of heterogeneous and identically distributed competing processes in a synchronous mode are solved, which ensures a linear order of execution of blocks of a structured software resource within each of the processes without delays. The obtained results can be used in a comparative analysis of mathematical relationships for calculating the implementation time of a set of parallel distributed interacting competing processes, a mathematical study of the efficiency and optimality of the organization of distributed computing, solving problems of constructing an optimal layout of blocks of an identically distributed system, finding the optimal number of processors that provide the directive execution time of given volumes of computations. The proposed models and methods open up new prospects for solving problems of optimal distribution of limited computing resources, synchronization of a set of interacting competing processes, minimization of system costs when executing parallel distributed processes.

  4. Любушин А.А., Родионов Е.А.
    Влияние солнечных вспышек на выделение сейсмической энергии
    Компьютерные исследования и моделирование, 2025, т. 17, № 4, с. 567-581

    Влияние солнечной активности на различные процессы на Земле давно является предметом пристального изучения, в результате которого появился термин «космическая погода». Наиболее ярким проявлением солнечной активности являются так называемые солнечные вспышки, которые представляют собой взрывное выделение энергии в атмосфере Солнца, в результате которых возникает поток фотонов и заряженных частиц, достигающий Землю с небольшим запаздыванием. Через двое-трое суток Землю достигает поток плазмы. Таким образом, солнечная вспышка представляет собой событие, растянутое во времени на несколько суток. Влияние солнечных вспышек на здоровье и техносферу человека является популярным предметом для обсуждения и научных исследований. В данной статье произведена количественная оценка триггерного эффекта влияния солнечных вспышек на выделение энергии в результате сейсмических событий. В статье получена оценка в виде процента от выделенной сейсмической энергии триггерного эффекта воздействия солнечных вспышек на выделение сейсмической энергии по всему миру и в восьми областях Тихоокеанского огненного кольца. Исходные данные представляют собой временной ряд солнечных вспышек с 31 июля 1996 года по конец 2024 года. Исследовались временные точки наибольших локальных экстремумов интенсивности солнечных вспышек и выделенной сейсмической энергии в последовательных интервалах времени длиной 1 сутки. Для каждой пары временных последовательностей в скользящих временных окнах с помощью параметрической модели интенсивности взаимодействующих точечных процессов оценивались меры опережения каждой временной последовательности относительно другой. Вычислялась разность между прямой мерой опережения временных точек локальных экстремумов интенсивности солнечных вспышек относительно моментов максимумов выделенной сейсмической энергии и обратной мерой опережения. Среднее значение разности мер опережения дает оценку доли интенсивности сейсмических событий, для которых солнечные вспышки являются триггером.

    Lyubushin A.A., Rodionov E.A.
    The influence of solar flares on the release of seismic energy
    Computer Research and Modeling, 2025, v. 17, no. 4, pp. 567-581

    The influence of solar activity on various processes on Earth has long been the subject of close study, which resulted in the appearance of the term “space weather”. The most striking manifestation of solar activity are the so-called “solar flares”, which are explosive releases of energy in the solar atmosphere, resulting in a flow of photons and charged particles reaching the Earth with a slight delay. After two or three days, a plasma flow reaches the Earth. Thus, a solar flare is an event stretched out in time for several days. The impact of solar flares on human health and the technosphere is a popular subject for discussion and scientific research. This article provides a quantitative assessment of the trigger effect of solar flares on the release of energy as a result of seismic events. The article provides an estimate in the form of a “percentage” of the released seismic energy of the trigger effect of solar flares on the release of seismic energy worldwide and in 8 areas of the Pacific Fire Ring. The initial data are a time series of solar flares from July 31, 1996 to the end of 2024. The time points of the greatest local extremes of solar flare intensity and released seismic energy were studied in successive time intervals of 1 day. For each pair of time sequences in sliding time windows, the “lead measures” of each time sequence relative to the other were estimated using a parametric model of the intensity of interacting point processes. The difference between the “direct” lead measure of the time points of local extremes of solar flare intensity relative to the moments of maximum released seismic energy and the “reverse” lead measure was calculated. The average value of the difference in lead measures provides an estimate of the share of the intensity of seismic events for which solar flares are a trigger.

  5. Антипова С.А., Журкин А.М.
    Ресурсно-адаптивный подход к разметке текстовых данных в структурированном виде с использованием малых языковых моделей
    Компьютерные исследования и моделирование, 2026, т. 18, № 1, с. 41-59

    В данной работе проведено экспериментальное исследование применения автоматической разметки текстовых данных в формате «вопрос – ответ» (QA-пары) в условиях ограниченных вычислительных ресурсов и требований к защите данных. В отличие от традиционных подходов, основанных на жестких правилах или использовании внешних API, предложено применять малые языковые модели с небольшим количеством параметров, способные функционировать локально без GPU на стандартных CPU-системах. Для тестирования были выбраны две модели: Gemma-3-4b и Qwen-2.5-3b (квантованные 4-битные версии), а в качестве исходного материала использован корпус документов с четкой структурой и формально-строгим стилем изложения. Разработана система автоматической аннотации, реализующая полный цикл генерации QA-датасета: автоматическое разбиение исходного документа на логически связные фрагменты, формирование пар «вопрос – ответ» моделью Gemma-3-4b, предварительная проверка их корректности с использованием Qwen-2.5-3b с опорой на доказательный фрагмент из контекста и экспертной оценкой качества. Экспорт полученных результатов предоставляется в формате JSONL. Оценка производительности охватывает всю систему генерации QA-пар, включая обработку фрагментов локальной языковой моделью, модули предобработки и постобработки текста. Производительность измеряется по времени генерации одной QA-пары, общей пропускной способности системы, использованию оперативной памяти и загрузке процессора, что позволяет объективно оценить вычислительную эффективность предлагаемого подхода при запуске на CPU. Эксперимент на расширенной выборке из 12 документов показал, что автоматическая аннотация демонстрирует устойчивую производительность при обработке документов различных типов, тогда как ручная разметка характеризуется существенно большими временными затратами и высокой вариативностью. В зависимости от типа документа ускорение аннотации по сравнению с ручным процессом составляет от 8 до 14 раз. Анализ качества показал, что большинство сгенерированных QA-пар обладают высокой семантической согласованностью с исходным контекстом, при этом лишь ограниченная доля данных требует экспертной корректировки или исключения. Хотя полная ручная валидация корпуса (золотой стандарт) в рамках работы не проводилась, сочетание автоматической оценки и выборочной экспертной проверки позволяет рассматривать полученный уровень качества как приемлемый для задач предварительной автоматизированной аннотации. В целом результаты подтверждают практическую применимость малых языковых моделей для построения автономных и воспроизводимых систем автоматической разметки текстов в условиях ограниченных вычислительных ресурсов и создают основу для дальнейших исследований в области эффективной подготовки обучающих корпусов для задач обработки естественного языка.

    Antipova S.A., Zhurkin A.M.
    Resource-adaptive approach to structured text data annotation using small language models
    Computer Research and Modeling, 2026, v. 18, no. 1, pp. 41-59

    This paper presents an experimental study of the application of automatic annotation of text data in the question – answer format (QA pairs) under conditions of limited computing resources and data protection requirements. Unlike traditional approaches based on rigid rules or the use of external APIs, we propose using small language models with a small number of parameters that can function locally without a GPU on standard CPU systems. Two models were selected for testing — Gemma-3-4b and Qwen-2.5-3b (quantized 4-bit versions) — and a corpus of documents with a clear structure and a formally rigorous style of presentation was used as source material. An automatic annotation system was developed that implements the full cycle of QA dataset generation: automatic division of the source document into logically connected fragments, formation of “question – answer” pairs using the Gemma-3-4b model, preliminary verification of their correctness using Qwen-2.5-3b based on evidence span from the context and expert quality assessment. The results are exported in JSONL format. Performance evaluation covers the entire QA pair generation system, including fragment processing by the local language model, text preprocessing and postprocessing modules. Performance is measured by the time it takes to generate a single QA pair, the total throughput of the system, RAM usage, and CPU load, which allows for an objective assessment of the computational efficiency of the proposed approach when running on a CPU. An experiment on an extended sample of 12 documents showed that automatic annotation demonstrates stable performance when processing different types of documents, while manual annotation is characterized by significantly higher time costs and high variability. Depending on the type of document, the acceleration of annotation compared to the manual process ranges from 8 to 14 times. Quality analysis showed that most of the generated QA pairs have high semantic consistency with the original context, with only a limited proportion of data requiring expert correction or exception. Although full manual validation of the corpus (the “gold standard”) was not performed as part of this work, the combination of automatic evaluation and selective expert review allows us to consider the resulting quality level acceptable for preliminary automated annotation tasks. Overall, the results confirm the practical applicability of small language models for building autonomous and reproducible automatic text annotation systems under limited computational resources and provide a basis for further research in the field of effective training corpus preparation for natural language processing tasks.

  6. Васильев В.И., Кардашевский А.М., Иванов Д.Х., Кардашевская К.С.
    Идентификация нестационарного коэффициента младшей производной в параболическом уравнении
    Компьютерные исследования и моделирование, 2026, т. 18, № 3, с. 607-620

    Работа посвящена разработке безитерационного метода решения обратной задачи для уравнения параболического типа с неизвестным нестационарным коэффициентом при первой производной по пространственной переменной. Условие переопределения задается в виде определенного интеграла от искомой функции с весовым множителем по области определения пространственной переменной либо по ее части. Актуальность данного исследования обусловлена необходимостью диагностики динамических параметров в прикладных задачах, в частности, при моделировании процессов переноса в биологических жидкостях, где скорость потока может меняться во времени. В отличие от распространенных итерационных методов, требующих значительных вычислительных затрат и тщательного выбора параметров регуляризации, предлагается оригинальный метод, основанный на декомпозиции решения, суть которого состоит в том, что на каждом временном слое в представлении решения обратной задачи в виде линейной комбинации решений двух вспомогательных систем уравнений с одинаковой матрицей и различными правыми частями, с последующим определением неизвестного коэффициента из дискретного аналога заданного условия переопределения. Такой подход позволяет находить неизвестный коэффициент без организации итерационного процесса. При учете неточных условий переопределения наибольшая точность восстановления решения обратной задачи достигается на квазирешении прямой задачи. Представлены результаты численной реализации предложенного вычислительного алгоритма на тестовых примерах, подтвердившие высокую точность определения искомых функций при достаточно слабых возмущениях условия переопределения. Полученные результаты открывают перспективы применения метода в задачах медицинской диагностики и других областях, где требуется оперативная обработка экспериментальных данных.

    Vasil'ev V.I., Kardashevsky A.M., Ivanov D.K., Kardashevskaia K.S.
    Identification of the non-stationary coefficient of the lowest derivative in a parabolic equation
    Computer Research and Modeling, 2026, v. 18, no. 3, pp. 607-620

    This paper presents a non-iterative method for solving an inverse problem for a parabolictype equation with an unknown time-dependent coefficient at the first spatial derivative. The overdetermination condition is specified as a definite integral of the unknown function with a weighting factor over the spatial domain or its subdomain. The study is motivated by the need to identify dynamic parameters in applied problems, particularly in modeling transport processes in biological fluids, where the flow velocity may vary over time. In contrast to conventional iterative methods that require substantial computational effort and careful selection of regularization parameters, an original approach based on solution decomposition is proposed. At each time layer, the solution is represented as a linear combination of solutions to two auxiliary systems with the same matrix and different right-hand sides, followed by the determination of the unknown coefficient from a discrete analogue of the overdetermination condition. This approach eliminates the need for an iterative procedure. In the presence of inexact overdetermination data, the highest reconstruction accuracy is achieved using a quasi-solution. Numerical experiments on test problems demonstrate high accuracy in reconstructing the unknown functions under small perturbations of the overdetermination condition. The results indicate strong potential for applications in medical diagnostics and other fields requiring rapid processing of experimental data.

  7. Комаров В.М.
    О Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология – наука XXI века»
    Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 1, с. 41
    Komarov V.M.
    Editor's note
    Computer Research and Modeling, 2010, v. 2, no. 1, p. 41
  8. Васенин И.М., Шрагер Э.Р., Крайнов А.Ю., Палеев Д.Ю., Лукашов О.Ю., Костеренко В.Н.
    Математическое моделирование нестационарных процессов вентиляции сети выработок угольной шахты
    Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 2, с. 155-163

    Представлена математическая модель для расчета нестационарных процессов вентиляции сети выработок угольной шахты. Приведены результаты расчетов процесса вентиляции тупиковой выработки вентилятором местного проветривания и нестационарных аэродинамических процессов при реверсировании вентилятора главного проветривания в модельной сети выработок шахты.

    Vasenin I.M., Shrager E.R., Krainov A.Y., Paleev D.Y., Lukashev O.Y., Kosterenko V.N.
    Mathematical simulation of non-stationary ventilation processes of coal mining.
    Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 2, pp. 155-163

    Mathematical model of non-stationary ventilation processes of coal mining is presented. Numerical simulation of dead-end excavation ventilation processes using local ventilation fan and occurred non-stationary aerodynamic processes by reversing main ventilation fan in modeling of coal mining are presented in this study Poisson on circle and other areas.

    Citations: 12 (RSCI).
  9. Губанов С.М., Крайнов А.Ю.
    Численное моделирование охлаждения емкостей для десублимации паров
    Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 4, с. 383-388

    Представлена математическая модель для расчета охлаждения емкостей для десублимации паров охлажденным воздухом, подаваемым к ним по сети трубопроводов. Приведены результаты расчетов процесса охлаждения двух приемных емкостей в блоке из четырех. Представлена картина течения охлаждающего воздуха в сети трубопроводов.

    Gubanov S.M., Krainov A.Y.
    Numerical simulation of cooling tanks for vapor desublimation processes
    Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 4, pp. 383-388

    The paper presents a mathematical model to be used for design of cooling tanks for vapor desublimation. Results of calculations for the process of cooling of two tanks in a block of four are presented. Chart of the cooling air flow in the piping network is presented.

    Views (last year): 2. Citations: 6 (RSCI).
  10. Хрущев С.С., Абатурова А.М., Дьяконова А.Н., Устинин Д.М., Зленко Д.В., Федоров В.А., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б.
    Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики ProKSim
    Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 1, с. 47-64

    Белок-белковые взаимодействия являются основой большинства биологических процессов. Компьютерное моделирование динамики связывания белков дает важную информацию для понимания механизмов их функционирования. Разработана компьютерная программа ProKSim (Protein Kinetics Simulator), предназначенная для моделирования взаимодействия макромолекул методом многочастичной броуновской динамики с учетом дальнодействующих электростатических взаимодействий. Проведено исследование диффузионно-столкновительных комплексов для трех пар белков: ферредоксин и ферредоксин:НАДФ+-редуктаза, пластоцианин и цитохром f, барназа и барстар. Исследована роль электростатических взаимодействий во взаимной ориентации молекул белков при образовании диффузионно-столкновительных комплексов.

    Khruschev S.S., Abaturova A.M., Diakonova A.N., Ustinin D.M., Zlenko D.V., Fedorov V.A., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu., Rubin A.B.
    Multi-particle Brownian Dynamics software ProKSim for protein-protein interactions modeling
    Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 1, pp. 47-64

    Protein-protein interactions are of central importance for virtually every process in living matter. Modeling the dynamics of protein association is crucial for understanding their functionality. This paper proposes novel simulation software ProKSim (Protein Kinetics Simulator) for modeling of protein interactions by means of the multi-particle Brownian Dynamics. Effect of long-range electrostatic interactions on the process of transient encounter complex formation is numerically estimated. Investigation of transient encounter complex formation was performed for three pairs of proteins: ferredoxin and ferredoxin:NADP+-redustase, plastocyanin and cytochrome f, barnase and barstar.

    Views (last year): 4. Citations: 8 (RSCI).
Pages: « first previous next last »

Indexed in Scopus

Full-text version of the journal is also available on the web site of the scientific electronic library eLIBRARY.RU

The journal is included in the Russian Science Citation Index

The journal is included in the RSCI

International Interdisciplinary Conference "Mathematics. Computing. Education"